盡管遠離印尼的政治中心，北馬魯古華人社會仍然受到制度性排華浪潮的影響而發生巨大的變遷。1967年馬魯古華僑聯合會解散，同年唯一的一所華文學校被迫關閉，華人子女90%以上選擇入讀特爾納特唯一的天主教會私立學校。這使原本就因為人口較少而難以傳承的中華文化受到更大程度的破壞。特爾納特的華人提起這段往事往往聲淚俱下，孔教協會的副會長紅女士（Ci Hong）說：“他們不讓我們華人進步，所以不可以去政府工作，也不可以學醫和做律師，就連做生意也不可以去縣級以下的地方。”[25]67歲的薩布利先生當時為了學醫，皈依了伊斯蘭教，目前經營著特爾納特最出名的私人診所。盡管薩布利先生小時候曾在華校讀書，能說簡單的中文，但從不對外承認自己的華人身份，只有相熟的華人知道他的這段往事[26]。在制度性排華浪潮的影響下，北馬魯古的一些強勢民族也采取了針對華人的行動，其中最嚴重的就是蒂多雷族在蘇丹王室的煽動下驅趕島內的所有華人。 

1999年8月，以馬魯古群島南部基督徒與穆斯林間發生的沖突事件為導火索，引發了整個群島區域內的宗教沖突。8月北馬魯古哈馬黑拉島的考澳人（Kao）基督徒與馬基安人（Makian）穆斯林發生嚴重的族群沖突，並迅速蔓延至整個北馬魯古省。這場破壞程度極大的宗教沖突一直持續到2000年6月，造成馬魯古群島4000-10000人喪生，86萬人逃離家園[27]。特爾納特華人為躲避戰亂紛紛外逃至蘇拉威西的萬鴉老、望加錫，爪哇的泗水、三寶壟等地區。與其他創傷事件中主體的“選擇性失憶”不同，當地華人會主動提起事件的經過：“當時亂的時候，很多周圍小島的暴民都跑到特爾納特來。雖然蘇丹組織了‘黃軍’去和那些暴民斗爭，但我們還是非常害怕。當時因為很亂，機場都封鎖了，只有有錢的華人能包私人飛機。和他們關係好的華人可以有機會上飛機，走不了的就一直在哭，請求帶他們一起走。”[28]。當地華人對這段創傷記憶的正視，反映的是目前相對良好的族群關係和政治生態。就像他們自身表述的那樣，“現在他們知道了，沒有我們華人，馬魯古的經濟是根本不行的，所以他們不會再做那樣的事情。”[29]北馬魯古華人外出避難後，當地生活物資交換鏈條中斷，經濟極度蕭條。因而在局勢穩定後，北馬魯古省、市級長官積極遊說華人返回特爾納特。另一方面，北馬魯古華人盡管遷入到其他城市的華人聚居區，但由於較難融入當地的社會網絡和商圈，因此生活水平遠低於從前。再加之對北馬魯古家的眷戀，因此在2003年前後，不少流亡外地的當地華人逐漸返回北馬魯古群島。

[25]2014年11月25日笔者在特尔纳特岛孔教协会办公室对红女士的访谈。

[26]2014年12月8日笔者在特尔纳特岛萨布利诊所的访谈。

[27]李一平：《1999年以来印尼马鲁古地区民族分离运动探析》，《南洋问题研究》2011年第3期。

[28]2015年2月11日笔者在特尔纳特华人戴昌俊（Ruben Kusuma）家的访谈。