1899年，他到達新加坡，住在女婿林文慶家裏。第二年，他遍歷南洋的英、荷殖民地，進行考察，物色墾殖場，但條件均不理想。最後他到了砂拉越，對位於拉讓江畔的詩巫(Sibu)地區進行了13天的實地考察，發現這裏叢林蔚茂、平原廣闊、人煙稀少、土質膏沃，並且有灌溉舟楫的便利，很適於墾殖，於是便選定這裏為墾場場址。1900年5月，黃乃裳與砂拉越王(英國殖民主義者)查爾斯·布魯克二世簽訂了農墾條約17條，墾場命名為“新福州開墾公司”，詩巫也改名叫“新福州”。墾約規定：砂拉越英政府貸款給中國移民，貸款在六年內償還；沙英政府準許移民在詩巫拉讓江兩岸墾種，每一成年人三英畝，20年內免稅，期滿後，一英畝年納稅一角；政府如果要征用移民耕地，必須按地價收購，以補償損失。墾約還規定，中國移民有相當的自治權。墾約第13條寫明：“不准任何人在墾場內開賭”，“至於鴉片，不准外人在墾場內售賣”。這一條款打破了一個惡例：歷來南洋地區的大墾場主都必然在墾場內開賭場，包賣煙、酒，牟取不義之財。

墾約簽訂之後，黃乃裳就動身回國招工。三年之內，他從鄰近福州的侯官、閩清、古田、永泰等縣招募了1100多人，先後分三批到達詩巫。

萬事起頭難。開始時，移民的生活是很艱苦的，勞動條件也非常惡劣。他們使用從中國帶來的犁、耙等農具，冒著熱帶雨林濕熱的瘴氣，驅趕出沒無忌的毒蛇猛獸，墾荒種植，種上了蔬菜、番薯、木薯、玉米、芋瓜等速生作物，後來還種上了稻谷並獲得了豐收。他們居住的是十分簡陋的“亞答厝”，即用“亞答”葉鋪蓋成的簡易草房，睡的是“大統鋪”式的連床，炊具簡單，甚至有兩三家合用一釜的。由於水土不服，生活艱苦，不少墾農患病或死亡。當時在墾場裏流行著“今天去埋人，明天給人埋”這樣的話，其艱苦狀況可見一斑。

作為墾場主持人(俗稱“港主”)的黃乃裳日子也很不好過。他說自己“冒險艱、糜金錢、竭心力，任勞怨”，“食與共席，睡與同榻”，備嘗艱辛。由於積勞成疾，胃病加劇，1903年他甚至感到自己已不能久於人世，竟寫下了自挽聯：“平生所願事多違，差幸聞道壯年，天若有心，期盡藐躬分內事；故土每愁人太滿，遠辟殖民小局，我雖撒手，仍留餘地後來人。”幸兩個月後痊愈。

在黃乃裳的組織、帶領下，1000多名中國墾農，經過三四年的艱苦努力，將昔日荒蕪的詩巫拓展成了初具規模的“新福州”墾場。墾場除種植糧食外，還發展了胡椒、橡膠等經濟作物。在這個新墾場裏，學校、教堂、醫療機構也辦起來了。

當時的地方官員、報章對“新福州”和中國墾農的業績有很高的評價。他們說，中國人“具有清醒頭腦、勤力、守法、成家立業之精神”。新福州墾場“其田園皆井井有條，一望而知其出自著名於世之中華農民之手”。這些評價是很符合實際的。