馬來半島沒有大片平原，只是在山地和海岸之間，有一些面積不等的海岸平原，坡度平緩，與陡峭的山脈有明顯的分界線，亦有人將之稱做低地。半島東部和西部的海岸平原有很大不同；西部的海岸平原較為開闊，平均寬度為20英里，最寬處如霹靂河與波南河下遊一帶約達40英里。沖積層多為黏土，沿岸從前分佈著大片紅樹林沼澤地。東部的則相對狹隘，未能綴連成片，沿岸多為沙灘。這與半島東部整個海岸完全暴露在一望無際的南中國海有關，不像半島西部有蘇門答臘島將其與印度洋隔開而得以保護。 

馬來半島降雨充沛，河道密布，河流基本以主幹山脈為分水嶺，分別注入南中國海和馬六甲海峽。較大的河流有Sungei Pahang(彭亨河)，源於彭亨西北部主幹山脈以西，長475公里，注入南中國海；Sungei Perak(霹靂河)，源於霹靂北部與泰國交界處的高山，長400公里，注入馬六甲海峽；Sungei Kelantan（吉蘭丹河），源於丁加奴高原，注入南中國海。此外還有注入南中國海的Sungei Trengganu（丁加奴河）、Sungei Dungun（龍運河）、Sungei Rompin（雲冰河）和Sungei Endau（興樓河），注人馬六甲海峽的Sungei Muar(麻坡河)、Sungei Klang(巴生河)、Sungei Bernam(安南河)、Sungei Muda(穆達河)、Sungei Kedah（吉打河），以及注入柔佛海峽的Sungei Johor(柔佛河)等。

馬來半島地近赤道，位於季風區內，屬於赤道雨林氣候季風型，或熱帶雨林氣候季風型，受海洋調節力度較大，特征是終年高溫、多雨（年降雨量為2500mm以上），夏季（約5月至9月）受西南季風影響，冬季（約11月中旬至3月）受東北季風影響。包括馬來半島和東馬在內的整個馬來西亞一年分兩季，即濕季和非常濕季，終年濕度高達約80%。全年平均氣溫為26°C，平均溫差為7°C。 

溫度和降雨量也隨地形不同而有所區別，如金馬侖高原的平均低氣溫為18°C，降雨量為2500mm以上；吉隆坡則分別為27°C和2410mm。夜間多涼爽，人們常用“全年都是夏，一雨便成秋”來形容當地氣候變化狀況，可謂貼切也。

二、東馬（砂拉越和沙巴）

東馬由砂拉越和沙巴（北婆羅洲）兩個州組成，與文萊蘇丹國和印尼加里曼丹省接壤，共有國土面積約198,069平方公里（砂拉越124,449平方公里，沙巴73,620平方公里）。東馬與印度尼西亞之間以連綿不斷的山脈為天然分界，在砂拉越境內，有Banjaran Kapuas（卡浦山脈）、Banjaran Kelingkang（吉令康山脈）和Banjaran Iran(伊朗山脈)；在沙巴境內有Banjaran Crocker（科洛克山脈）、Banjaran Maitland（麥特蘭山脈）和Banjaran Brassey(布拉賽山脈)。科洛克山脈（南部）也是砂拉越與沙巴的天然分界，其走向大致與州西海岸平行，最高的山峰即有名的神山（Kinabalu，俗稱“中國寡婦山”），海拔4101米，為東南亞之最高。該山由大塊火成岩構成，邊緣陡峻，頂部平坦。 

Sungei Padas(巴達士河)發源於山的東側，在丹南(Tenom)附近切斷山脈，構成橫谷，向西注入南中國海，人海處形成巴達士河三角洲沖積平原，其上多沼澤森林。

東馬境內的河流，在砂拉越州內，由於受地勢影響，大多為東南一西北走向，注入南中國海，主要有Batang Sarawak（砂拉越河）、砂當河、Batang Lupar（魯巴河）、Batang Rejang（拉讓河）、Batang Baram（峇南河）等，其中，拉讓河是州內最長的河流，長563公里；沙巴州內最長的河流是Sungei Kinabatangan(京那把登岸河)，長350英里，大致為西南一東北走向，注入蘇祿海，其他主要河流還有Sungei Sugut(蘇古河，注入蘇祿海)、Sungei Labuk(拉蔔河，注入瀕蘇祿海的拉蔔灣)、Sungei Segama(實加麥河，注入蘇祿海)、Sungei Kalubakan(加魯巴干河，注入瀕蘇拉威西海的聖路西亞灣)等。主要河流人海口多沿海岸形成三角洲沖積平原。