在研究主題方面，有學者關注到中華商會與在地的經濟規范及區域的華商網絡之間的關係，但考察僅限於新加坡，對於其他各國中華商會及是否存在合作，共同參與區域、東南亞及東亞的經濟一體化之中，則缺乏討論。換言之，華商早期追求在地生存，在今日則在全球化范圍之內尋找市場空間。華人的屬性及中華商會作為較高層級的領導組織，使其在中國的經濟圈中也有重大影響力。在政治與社會的發展過程中，中華商會也因其集體力量，在所在地區及國家之中居有重要地位。經濟力量與政治影響，是如何發生作用，中華商會在政治參與方面有何表現，如何在政局動蕩或政權更疊之時維護華商利益，如在有些國家的排華事件中如何行動，都是值得討論的重要主題。在地國的公民社會發育之中，在華人的國家觀念及族群觀念發生重大轉變之中，中華商會如何調適應變，在維系華人文化傳統、保持華族的競爭力方面又有何作為，也是重要主題。在中國與東南亞關係之中，中華商會作為具有政治經濟影響力又具有中華文化傳統的組織，在與中國的合作與交往中有著特殊的角色，這在已有研究中已經有所展現，但還遠遠不足。1991年的世界華商大會系由新加坡、泰國、馬來西亞等國中華商會發起，在此後更形成隔年舉行的世界華商盛會。這標志著以中華商會為中心的華商世界經濟圈的形成。對於這一進程，也缺乏討論。此類種種問題，都有完整深入討論的必要。 

其二是研究視野及方法尚存局限。盡管學術界對華人華僑史的研究，早己從本地化、區域化走向了全球視野。但已有關於中華商會研究的成果主要集中於組織——制度的考察或者結構——功能的解釋，有些沒有超越民族國家的地理界限和國史框架，對於中華商會與華商社會、中華商會在地區、區域及全球化中的地位、中華商會與華商經濟圈及中國經濟圈的關係缺乏關懷。由此導致中華商會研究的組織史特色較重，靜態研究較多，而對於社會、時代之關聯不足，動態觀察欠缺。在研究方法方面，已有研究多在歷史學領域內展開，較多學者關注以史料為基礎來進行論證。但在加強史料發掘之外，更要注重結合人類學、經濟學、政治學及社會學的相關理論進行討論。除此之外，對20世紀南洋地區中華商會的研究，有必要突破“中國中心主義”和“華人社會中心觀”的限制，將其置於東南亞的現代化進程之中乃至世界經濟社會的歷史進程之中進行動態觀察。 

其三是史料發掘嚴重不足。現有研究主要利用的是報刊資料和商會紀念特刊，忽視了對政府部門（如南京國民政府僑務部門檔案全宗中就留有不少十分珍貴的華商會組織及活動的資料）和商會檔案資料（如新加坡中華總商會保存有歷年的會議記錄）、碑刻、譜碟、地方志等資料的系統收集和利用，更逞論對一些知名華商及其家族進行有組織的訪談，以收集豐富的口述史料。此外，已有對中華商會進行專題性研究的成果利用的資料主要限於中文，對英語、馬來語等外文文獻的使用也略顯不足。更為主要的是，迄今尚缺乏對南洋地區中華商會的資料進行系統地收集整理。資料的不足尤其是不系統也就極大地限制了學術視野和問題探討。