查繼佐《罪惟錄》的記載中，關於建文帝出亡的不同說法，就有二十三種之多。因為沒有確切證據，作為嚴肅的史學家，查繼佐提出“十六辯”即“十六疑”，對它們一一加以辯駁，全部否定了。

帝子出走何事，而五六十人聞之，後此無一敗：疑一。

鬼門可出，水關何必復導：疑二。

金川既啟，廷臣驚懼不知所出，在外小臣安敢遽入大內：小臣能入而帝不能出：疑三。

兵勢洶洶此何時：而神樂道士惓惓夢中之言，艤舟待命：疑四。

且二十二人信宿王升處也，疑五。

遯野亦多人，而必以為盡與帝周旋，疑六。

亡名者必誣之以名，疑七。

仲彬家吳，吳之人無蹤跡取功名者乎：疑八。

得相聚，疑九。

革誥敕亦早，此系逆案，而邑丞之但身臨史氏也，疑十。

既疑仲彬匿帝，必大索，能哂而去之，疑十一。

期襄陽胡遂弗後，疑十二。

一再跡雲南，必晤帝，疑十三。

帝既目善冠蓋，而萬里復走仲彬者再，疑十四。

豈不聞胡濙之出，又奚乎天臺：疑十五。

間關晤接，無他言，而瑣及所獻，疑十六。

面對種種疑問，最後，他說：

按出亡之說，傳二十有三，豈無一真：惟傳二十有三，乃信無一真也。真則一而已矣。即讓皇之謚，本自“遜國”二字來。此實錄之後，史家不得已，分例“遜國”，以與“靖難”埓。秉筆者不免說謊，數百世安之。卻遜與讓之義，猶然為出亡作解也。

查繼佐的辯駁是在明亡之後。早在明萬曆年間，即建文遜國傳說甚盛時，時人沈德符就有一番辯駁。他說：

建文帝出亡，當時倘令故臣隨行，必立見敗露。近日此中乃有刻《致身錄》者，謂其先世曾為建文功臣。因侍從潛遁為僧，假稱師徒遍歷海內，且幸其家數度。此時蘇嘉二府偪近金陵，何以往來自由，又賡和篇什，徜徉山水，無一譏察者：況胡忠安公（胡濙）之出使也，自丁亥至丙申，遍行天下，凡十年而始報命。觀忠安傳中云，窮鄉下邑，無不必至。胡為常州人，去此地僅三舍，且往來孔道也。豈建文君臣能羅公遠隱身法耶：所幸偽撰之人，不曉本朝典制，所稱官秩，皆國初所無。且妄創俚談，自呈敗缺。一時不讀書、不諳事之人，間為所惑。即名士輩亦有明知其偽，而哀其乞憐，為之序論，真可駭恨！蓋此段大謊，又從老僧楊應祥假托之事敷演而成。若流傳於世，誤後學不小。又《傳信錄》云，宣宗皇帝乃建文君之子，傳至世宗皆建文之後。此語尤可詫。蓋宋太祖留柴世宗二子，及元末所傳順帝為宋端王合尊幼子二事，而附會之耳。乃不自揆，僭稱“傳信”，此與近日造二陵信史者何異：庸妄人自名為信，他人何嘗信之：此皆因本朝史氏失職，以至於此。（摘自毛佩琦著《永樂大帝朱棣》第二章·百折不撓 の五《建文帝謎蹤》）