益次郎回師山口，並且指揮其他戰線的戰鬥。到了八月一日小倉城陷落，幕軍全線敗退。

第二年，慶應三年春，村田又回到了山口的藩廳，幹他的翻譯老本行去了。

從來不在背後談論別人、不茍言笑的小五郎，這時也笑瞇瞇的對人說：“火吹達磨是鹹魚翻身，臉上寫著：我打過仗了！”

慶應四年，鳥羽伏見一仗，幕軍被薩長聯軍打敗，前任將軍德川慶喜逃回江戶。京都、大阪一起歸入《新政府》的管轄下了。

益次郎再次奔往京都，新政府讓他去當“軍防事務局判事加勢（幫辦）”，這個官職和他創下的功勳相比實在不相當。

軍防事務局的首腦都是貴族，表面上“印把子”抓在這些人手裏，實權卻在益次郎手裏。

有些薩摩藩士背後指指點點：“那就是打敗幕府的火吹達磨啊？”這也難怪，大村在長州征伐以前是個無名小卒，長州征伐以後“平地一聲雷”成了“天下第一軍師”。

這位“天下第一軍師”還是一如既往的討厭穿洋式服裝，照樣穿筒袖的羽織、黑呢裙褲，頭戴深編笠。這倒不是他特立獨行，以村田的“合理主義”來說，這幅打扮“舒服”最合適不過了。

當時各個藩都派了“禦親兵”來京都，村田將他們收容在原來新選組的營地伏見奉行所。而且再三強調“絕對不許穿和服。”

這些藩兵都是閑散慣了的，有人命令他們穿筒褲、軍服，確實有些勉勉強強。

這年四月六日，剛履行過“元服”儀式的少年天皇，在大阪城內馬場舉行閱兵式。其實這是對殘留在江戶的德川幕府、諸藩的變相示威。參加這次閱兵的還有薩摩、長州、藝州、築前、肥前等藩的部隊。

益次郎還是那副打扮，指揮部隊。官軍裏除了益次郎以外，沒人能夠策劃洋式閱兵。

不過益次郎還是出了點洋相。排列整齊的諸藩兵卒，正要迎接天皇上觀禮台。“禦親兵掛”的公卿萬裏小路道房，指著益次郎的鼻子責問：“汝！天子駕臨，禮數豈可廢！立拜？豈有此理！”

這個“棒槌”不知道舉槍敬禮這個西洋規矩。他認為這是“大不敬”。

益次郎拿著荷蘭、英國的軍事書籍，再三強調這是西洋軍隊最高的禮節。可又來了兩個“棒槌”幫腔。萬裏小路的朋友四條隆哥、鷲尾隆聚異口同聲說：“是啊！豈有此理！豈有此理！”

益次郎被弄得哭笑不得。據在一旁的船越衛說，火吹達磨短短一生中，臉上露出困惑的表情他只見過這一次。

這幫人還要爭論，只見錦旗飄揚，法螺聲響。十七歲的天子全副戎裝，走上了觀禮台。

台下的部隊只好把長槍放在地上，跪在地上向天皇致敬。

益次郎心想：“這種敬禮，看上去和投降一樣。”

這次閱兵前後，官軍從各個方向進軍日本東部。四月十一日，江戶城開門請降。

這期間大半的作戰計劃都是由大村制定的。

官軍雖說占領了江戶城，可還是四面受敵。江戶有彰義隊、大鳥圭介率領的殘兵敗將、槚本武揚的海軍。新政府和“騎墻派”奧羽諸藩之間也已開始了摩擦，後世稱為“戊辰戰爭”已經迫在眉睫了。

這片爛攤子裏最麻煩的就是彰義隊，他們挾兩千之眾蟠踞在江戶，他們和官軍的情勢可以說是一觸即發。

江戶城內總督府總參謀長西鄉吉之助的方針是：“（對彰義隊表現）最大限度的寬容。”

這是他和勝海舟、山岡鐵舟談判和平交接江戶城的條件之一，為了不負當初雙方的“君子協定”。所以現在他對彰義隊的暴行是“睜一眼、閉一眼。”他下令官軍對彰義隊任何挑釁，一律不還擊。

彰義隊卻不領情，兩軍之間的磨擦行動也逐漸升級了。