陳祖義是廣東人，全家逃到蘇門答臘島南部舊港(巨港)，糾集海盜自封為首領，為人豪橫霸道，專事劫掠過往商人財物。陳祖義一夥的海盜行徑影響了舊港一帶的海上貿易，很多商船視航行巨港為畏途，致使這個港口城市日益衰落。鄭和第一次下西洋時曾抵舊港，詔諭陳祖義。陳祖義耍兩面手法，一方面詐降鄭和，同時又陰謀對鄭和的船隊進行襲擊。陰謀敗露，鄭和先發制人，鎮壓了陳祖義海盜集團，殺死5000餘人，焚燒船只10艘，陳祖義本人被俘虜，押回南京處決。之後，鄭和扶持了施進卿為當地“中國人封祖”，授予“宣慰使”的官銜。施進卿告發陳祖義，並幫助鄭和剿滅陳祖義，又是爪哇滿者伯夷國王派往舊港的一位大臣，他似乎是一身而二任，“雖受朝命，猶服屬爪哇”。1421年施進卿逝世後發生了權力爭奪，鄭和曾於1424年專程去舊港解決紛爭。鄭和鎮壓陳祖義集團之舉，保障了海路的暢通，有利於東南亞海上貿易事業的發展。與此同時，又扶持他人為華僑領袖，也有利於社會的穩定和社會組織的完善。

鄭和對伊斯蘭教在印尼的傳播也有很大的貢獻。

13世紀以前，印尼是佛教和印度教占統治地位的國家，13—15世紀是伊斯蘭教傳入印尼並最終取代佛教、印度教的歷史時期。伊斯蘭教通過印度商人傳入蘇門答臘島，它的傳播與商貿活動息息相關，是商業經濟發展的產物，標誌著印尼社會歷史的一大進步。伊斯蘭教從蘇門答臘島傳播到爪哇島，大約是從15世紀初鄭和下西洋時期才開始的，鄭和可能是第一位訪問爪哇島的有地位的穆斯林。鄭和下西洋後，在蘇門答臘島南部、在爪哇島都先後出現了華僑伊斯蘭教徒社區，“多有從回回教門，受戒持齋者”，還建立了清真寺，出現華僑宗教領袖。

鄭和下西洋在東南亞留下了許多和華僑社會緊密關聯的歷史遺跡。最著名的是印尼的三寶壟(Semarang)市。

三寶壟市是印尼中爪哇省的省會，爪哇島北海岸的三大海港城市之一。三寶壟市是怎樣形成和發展的？依據有關資料，學術界有一種看法：即1416年鄭和第五次下西洋時，在今天三寶壟市西南郊塞蒙安河河口登陸，華僑最初也定居在這塊叫葛堂巴都(意為“石室”)的河口，他們稱它為三保洞。在三保洞周圍，華僑開始了墾殖和商業活動。大約在17世紀初，由於荷蘭殖民主義者的脅迫，華僑被迫從三保洞遷入今日的三寶壟市區。當時這裏還是一片人煙稀少的荒野和沼澤，華僑遷入後，在荷蘭殖民當局指定的地區蓋起了簡易的竹屋，他們和當地人民友好相處，建立和發展了互通有無的貿易關係，繁榮的港口城市三寶壟市就在這塊沼澤地建立起來。為了紀念鄭和的業績和感謝他保佑三寶壟市居民安居樂業，華僑在三保洞口建立了三保公廟。最早的廟，大約只在洞穴裏供了鄭和的雕像，別無其他。後來，洞穴在一次暴雨中塌陷了，一對正在洞中膜拜的新婚夫婦不幸遇難。真正的廟是1724年才集資修建的。三保公廟香火鼎盛，每年的陰歷六月二十九日要舉行盛大的紀念活動，把鄭和從洞中迎到三寶壟市內的大覺寺“赴宴”，宴畢，他老人家又在喧天的鑼鼓和競舞的龍獅中回到洞內。送迎隊伍所經之處，洋溢著喜慶的氣氛。