在明清時代，即使開禁時期，私人出海仍然受到一些限制，而在實行海禁期間限制就更多了。但是，就像清朝後期無法禁止鴉片貿易的情況一樣，明朝和清朝前期對海上貿易的監控大部分都是有名無實，無法有效地執行。

規定不能使用雙桅大船，但人們可以在海島上修造，或幹脆在國外建成再開回國內；規定不能攜帶武器，可是搜查的官員往往無法徹底檢查；規定什麽船必須走什麽路線，可船戶說風向、天氣並不是人力所能左右的；規定商船必須按商船掛牌，漁船必須按漁船掛牌，可有時有些船今天經商，明天就改成了捕魚，也有相反的情況——事實確實是這樣，經商和捕魚往往都存在季節性；規定多少人乘船出洋，就要多少人準時回來，這實際上沒有考慮人的生死因素和其他偶然因素；規定什麽船出去，就得什麽船回來，可是有的說遭風暴沈沒了，有的說船陳舊改造了等，所有這些，令陸上的官員防不勝防，窮於應付而不逮。於是出現了“商民往返外洋，或人回而船不回，大船出而小船回及出口人多、進口人少者”的現象，有的甚至 “出海昧心，故意沈失，遂致不服重整”；有的本該走東洋，卻借口風使之去了西洋；還有的是鉆官僚政治腐敗的空子……

參與這些非法海上走私貿易的，包括與豪門官宦有關系的海商、從事私通接濟活動的沿海居民、以武裝走私方法進行海外貿易的倭寇，以及知法犯法的沿海守禦官兵等，各式各樣的人都有。

嘉靖時期的浙江巡撫朱紈試圖嚴格執行海禁，並鼓勵民眾揭發與海寇私通的豪門勢家及地方官員。勢家大戶為了保護自己的利益，便勾結朝廷高官彈劾朱紈，終於迫使朝廷罷免他的職位，朱紈最後服毒自殺。他的遭遇顯示，當時抵制海禁的勢力是多麽強大。

正如今天我們對政府的政策經常出現保守派和改革派的不同意見，明清時也有不少改革派對海禁政策持有異議。最顯著的有明朝的李贄、徐光啟、許孚遠、傅元初、陳子貞等，以及清朝的慕天顏、靳輔、李率泰、王來任、藍鼎元等。他們大都主張開放海禁，準許公開貿易，認為只有這樣才能杜絕海寇，造福平民百姓，並能夠增加政府稅收。也正因為有這麽多反對的聲音，明清政府才多次放寬海禁，並沒有認真執行海禁。

其實當時的走私活動很多已經是半公開或半合法的，而朝廷的政策也往往是充滿矛盾的。比如，廣州早在正德四年（1509年）就已開始準許非朝貢船只的進口貿易，後來還得到禮部的肯定，從根本上否定了 “有貢舶即有互市，非入貢即不許其互市”的朝貢貿易基本原則。

葡萄牙人則於嘉靖三十六年 （1557年）得到明朝的允許，在澳門定居和通商。他們把澳門作為與日本、菲律賓和印度貿易的中轉站。當時正是明朝與日本關系惡劣、倭患猖獗的時候，很多中日之間的貿易便經過葡萄牙人之手，在澳門進行，而明朝對此亦不過問。

另一個回避明朝禁制的辦法便是利用琉球的朝貢貿易。琉球在明初已成為明朝的朝貢國，日本與明朝的朝貢關系中斷後，很多日本人便通過琉球，繼續與明朝通商。即使到了17世紀初，琉球被日本南部的薩摩藩大名控制後，明朝仍然假裝不知，繼續允許琉球入貢。這當中的原因就在於，明朝需要從日本輸入白銀，作為貨幣之用。由此可見，日本與明朝的貿易其實從未中斷過，而明朝的海禁政策在執行時是相當務實的。

我們可以從白銀流入中國的程度，一睹明清對外貿易的興旺。白銀在明朝的中後期已成為中國的主要貨幣。由於中國國內市場規模龐大，因此對白銀的需求非常大。但中國國內銀礦甚少，所以白銀必須依賴外國進口。明清時期世界的主要產銀地區是新大陸（占全球產量的85%）和日本 （占余下15%的大部分）。在明朝和清初，日本是中國白銀的主要來源國；到了18世紀，新大陸成為中國白銀的主要來源。據估計，從16世紀中期至18世紀末的兩個半世紀內，日本和新大陸出產的白銀，有1/3～1/2經國際貿易渠道直接或間接流入了中國。即使這些估計可能過高，但我們知道在明末清初以及乾隆後期，中國的銀價已經和世界的銀價差不多；況且，清初官員慕天顏和靳輔均提到過當時中國社會白銀充裕的情況。這說明在這兩段時期，白銀的輸入已接近市場飽和，同時也間接顯示出，明清的對外貿易雖然是在諸多限制的情況下進行的，卻仍然極為旺盛。

明清另外還有對國民僑居海外的禁制。因為有倭患和鄭成功的先例，明清政府不信任長期居留海外的中國人，這一點是可以理解的。但規定出海者在海外居留不能超過限期，卻和其他規定一樣難以執行，因為有很多像遇到風暴等理由，令出海者無法在限期內返國。也有明清官員明白這些規定是不合情理的，因而沒有執行。萬歷年間的福建巡撫許孚遠便曾準許過期未歸的船只回國而不治罪。到了清乾隆年間，清廷終於接受福建巡撫陳宏謀和兩廣總督楊錫的建議，撤銷海外居留的三年期限。

但不論有無對僑居海外的限制，自明朝以來，在東南亞和日本僑居的華人數目不斷上升。早在1603年，馬尼拉已有2.5萬~3萬華人，而西班牙人只有1000多名。後來，在巴達維亞 （即今天的雅加達）僑居的華人比馬尼拉的還要多，到1730年前後已超過10萬人。到1618年，移居日本的華人則有兩三萬之多。當時日本的長崎港有一個 “唐市”，像今天歐美城市的唐人街一樣。

對僑居海外的禁制，似乎不包括對僑居歐洲的限制。我們知道在明清時期有不少洋人來到中國，但同期也有中國人在西歐居住。紐約大學教授衛周安在其《北京的六分儀》一書中曾提及多名當時旅歐的華人，其中包括：在17世紀後期隨耶穌會傳教士到英法的沈福宗，他曾經在牛津大學工作，後來死於返國途中；經羅馬到巴黎的福建人黃嘉略，他曾於巴黎皇家圖書館工作，並多次與法國大政治思想家孟德斯鳩交談，孟氏對中國的看法深受他的影響，黃嘉略後來在巴黎去世；天主教傳教士範守義，曾奉康熙之命出使羅馬教廷，回國後轉告康熙很多有關歐洲風土人情的見聞；雅各布·李跟隨耶穌會傳教士到意大利，就讀於那不勒斯的耶穌會學校，後來在1793年跟隨著名的英國馬嘎爾尼使團返國，並擔任翻譯；楊德望和高磊斯於1751年～1766年在法國居住，並加入耶穌會，二人曾學習物理、歷史和化學等科目，後來返回中國，還代法王路易十五帶了一些禮物給乾隆皇帝。