坎兒井這一古代水利工程最大的優點，一是通過水渠地下引水，減少了因酷熱、狂風而大量蒸發損耗，具有節水意義；二是淺層采水，自流灌溉，對地下含水層的水源都沒有破壞，流量穩定，不像機井需要消耗電力；三是維修與養護簡單，使用期長，吐魯番現存最古老的坎兒井已有數百年歷史。 

吐魯番和哈密坎兒井消亡的原因很簡單：大量打機井——這與敦煌和其他綠洲、以及華北平原面臨的水危機原因相同。目前，吐魯番盆地機井的數量已經超過5000眼，機井越打越深，水位便越降越低。 

聽起來有點像生產發展與水資源狀況的矛盾。吐魯番現有耕地120萬畝，每年水資源補給量11.7億立方米，而實際耗水量已超過12億立方米，只能不斷打機井抽取地下水。地下水水位下降，則導致坎兒井乾枯、廢棄。

其實，還有更深層的管理體制上的原因。

坎兒井是祖先留下的，一直歸鄉鎮及農民自己管理，沒有納入國家或自治區的水利規劃，是沒有水利“戶口”的“水利工程”。因此，在工程建設保護和維修上也沒有穩定的資金來源。坎兒井每年都需要掏澇清淤加固，一旦崩坍斷流，就要搶修，如果農民籌不到資金，坎兒井就會報廢。同時，坎兒井和水利部門打的機井，也缺少統一的規劃，有的機井甚至打在坎兒井的源頭，直接造成了坎兒井的乾枯。 

2005年3月22日，吐魯番市艾丁鄉莊子村莊子坎兒井突然坍塌，造成坎兒井斷流。村委會主任立即派人將此報告吐魯番地區水科所，希望能夠得到資金以及技術上的幫助。莊子村過去有12條坎兒井，農民用水既方便費用又低，現在僅存3條。這口坎兒井承擔著全村三分之一耕地的灌溉及全村的生活用水。然而讓村民們感到失望的是，水科所僅派來了工程技術人員現場查看，並告之他們應該注意的事項後，便走人了。吐魯番水科所因為承擔了坎兒井的普查和定期監測工作，農民以為坎兒井出了事就該找他們，而實際上他們所能做的，也只是把情況匯報給上級部門。不得已，這個村組織起70名青壯年勞動力，通過兩天兩夜的掏澇，才將坍塌的坎兒井恢復。(《新疆日報》2005年4月12日)

令人驚詫的是，一些專家對“坎兒井“這一古代文明的成果如此輕慢，竟斷言，純經濟角度看，坎兒井已無生存必要。說什麽在科技發展的今天，坎兒井未免過於落後，夏季容易乾枯，冬季水多時又易白白流走，無法蓄存，而且每年掏撈維修工程量巨大。建水庫可蓄水，既方便利用又利於控制水量。因此應該任坎兒井自然消亡，優勝劣汰，由水庫等水利設施取而代之。 

但另一種聲音不容忽視。吐魯番的農民對坎兒井與機井的優劣有更深切的感受。他們算了這樣一筆賬，打井的費用老祖宗已經幫我們掏了，現在我們只管維護和使用，一畝地一年也就花40來元，機井電費一年就要花80來元錢。新疆坎兒井研究會會長還算了這樣一筆賬，挖一條坎兒井，一般造價是100米1萬元，5公里長的坎兒井造價也就是50萬元，吐魯番不少坎兒井壽命甚至在500年以上。而打一口機井一般需15萬元，10年左右就報廢了。


我們的祖先早已把坎兒井挖好了，我們現在做的就是保護利用而非重新挖掘，如此算來，還是坎兒井更便宜。吐魯番水利部門的領導認為，吐魯番現在300多條坎兒井出水量達2億多立方米，這些井都是生命力極強的井，拿出一兩億資金便可對坎兒井進行保護和利用，而建一座庫容近3億立方米的水庫，沒有一二十億是拿不下來的。(師巧梅、王晶晶《坎兒井：任其消亡，還是加強保護》)