“副現象論”者也認為心智或精神是物質大腦的產物，但他們卻認為心智或精神只不過是大腦的一種“副現象”， 是一種機械的、僵死的東西，否認它們具有相對獨立性、特殊性、能動性、因果性、意向性等，他們否認心智或精神能夠反作用於物質，否認心智或精神對大腦以及人的行為具有因果作用，否認心智或精神在進化過程中的積極影響。例如英國博物學家托馬斯·赫胥黎就曾說過：“如果說意識看起來和肉體的機制有什麽關係的話，它也只是肉體工作的一種副產品，它對改變這種工作完全無能為力，這就像伴隨機車發動機工作的汽笛對其機制一點也沒有什麽影響一樣。”

精神分子論認為，“副現象論”是偏頗的，在生命的進化歷程中，心智或精神的出現無疑是一次巨大的質變、飛躍或突現，心智或精神的本質雖然是物質，但是心智或精神是大腦這塊物質所產生的最高級、最神奇的花朵，它們是物質的一種高級形態，是一種更高級的物質層次。心智或精神在世界中占據著重要位置，所以它們並不是大腦的“副現象”， 並不是機械的、僵死的物質微粒，也不能被“取消”、被“排除”。 心智或精神具有特殊性、相對獨立性、能動性、因果性、意向性等，它們能夠反作用於物質，對大腦以及人的行為具有一定的因果作用，對人類社會的發展發揮著重要作用，對進化過程也產生一定的影響。正如英國物理學家大衛·波姆所說的那樣，精神是實在的，在人與人之間，精神有巨大的效應，它影響著人體，影響著人類之間的種種關係，它影響著社會。[24]精神分子論雖然是徹底的唯物主義，但精神分子論又不同於“副現象論”、取消論唯物主義、行為主義和機械唯物主義。

“副現象論”又引出了另外一個問題：“不屬於物理世界的東西是如何對物理世界產生影響的？人們經常認為物理世界是服從因果決定論的。這就意味著沒有外在的事物可以進入物理世界，並作為原因起作用，但是，心智狀態卻為何可以作為不屬於物理世界的因素而對物理世界起作用呢？”這個問題的實質是，提問者認為心智現象是屬於精神範疇的，而精神的本質是非物質的，所以心智現象並不屬於物理世界。既然心智現象不屬於物理世界，那它又是如何對物理世界產生影響的呢？我們在前面已經反復進行過探討，大腦是一個物質結構，大腦的思維活動也是一個物質的活動過程，所以大腦思維的產物——心智或精神也必然是物質的，它們的本質是實實在在的化學分子。既然心智或精神的本質是實實在在的化學分子，那麽，它們就不可能是非物質的，而屬於物質的範疇，或者說它們屬於物理世界，是物理世界中的一種重要因素。既然心智或精神也是物理世界中的一種重要因素，那麽，它對物理世界產生影響就是一件自自然然、順理成章的事情。這個問題其實仍屬於心物關係問題，長期以來，人們之所以一直糾結於這些問題，根本原因就是因為他們未能跳出靈魂論的窠臼，對心智或精神的本質產生了誤解。

11. 無意識問題。對笛卡爾來說，心智活動由意識而定義。那麽無意識狀態就應該用相反的術語來界定，即無意識的意識。我們普遍認為我們的許多心智狀態是無意識的，那麽，這意味著什麽？無意識的心智狀態又說明了什麽？它又是如何與我們的心智生活和外在世界相適應的。無意識可做兩種理解，一是指“在無意情況下導致的某種預先不可預計的後果”中的無意識；另一種是關於“無意識”更加普遍的說法，即我們認為所有類型的心智過程都在我們的大腦中進行著，但是卻沒有任何表現。這一說法也包括“我們的心智無意識地指向外部物體”中的無意識。這兩種無意識概念存在的問題是，無意識的確切含義是什麽？大腦中的什麽因素使其既為心智狀態同時又無意識。

精神分子論認為，人腦中存在著三種不同的意識境界或者說狀態——意識、潛意識和無意識，這就是說，在人腦中不僅存在著意識，而且還存在著潛意識和無意識。在本文的第一節，我們已經對意識進行了定義：意識是大腦在認識過程中所達到的一種高級境界，意識就是主體對自我以及非我的反思與覺悟。這就是說，在意識狀態中，主體通過腦中的自我“覺悟”到了自己以及非我，這時不僅主體是“覺悟”或意識的，而且腦中的“自我”同樣也是“覺悟”或意識的。主體和“自我”同時都是“覺悟”或意識的，這就是意識的特征。

那麽，我們又如何定義潛意識呢？作者在《破解大腦之謎——精神分子論》一書的第27章曾對潛意識進行過定義：

潛意識是指人腦中沒有被主體所意識到的一類精神活動過程。[25]

這就是說，在潛意識狀態中，主體是不“覺悟”、無意識的，因為主體正在睡眠之中；雖然主體是無意識的，但腦中的“自我”卻是“覺悟”或意識的。正是由於“自我”是“覺悟”或意識的，所以在它的主導和管理下，人腦中仍然在進行著另一種精神活動——潛意識活動，例如做夢。主體無意識，而“自我”有意識，這就是潛意識的特征。