依據相關文獻與行政院國家永續發展委員會國土與交通工作分組所提出的「生態旅遊白皮書」，分別從自然資源、旅遊活動、當地居民與經營管理…等面向，依據各組織架構元素之精神與相關規範，擬定生態旅遊之業務的檢核原則與內容，說明如下。

自然資源方面

生態旅遊乃是提供遊客得以到較未受破壞、或未受污染的自然地區去旅行、欣賞自然景觀、體驗人文史蹟的遊憩機會，透過具科學、美學、哲學內涵之專業解說，提高遊客之滿足感，並達到潛移默化的效果，提昇國人對國土及自然資源的珍惜與關愛。因此，在自然資源之應用方面，對於資源豐富但已開發且具有遊憩壓力之地區，除了強化解說教育，以增加遊客對資源與環境認同感與遊憩機會外，均在利用現有基礎設施服務上，以不再開發為原則。對於資源豐富但遊憩壓力甚小之地區，在生態旅遊的發展上，應降低其交通可及性、擬定強制之法令管制規定，以承載量評估適當之使用量後再予以推廣。自然資源方面的檢核因子，條列如下：
當地生態資源或特殊物種之豐富性
當地資源對國家具有自然或文化遺產或獨特的代表性
當地物種或景觀具有稀有性
當地自然或文化資源維持原貌之程度
可供環境教育利用之面積範圍的適宜性
當地是否具有一個以上之完整生態系統
確保野生動植物不被干擾、環境不被破壞
旅遊活動方面

生態旅遊是一種自然取向的旅遊型態，業者應提供營造遊客與環境互動的機會，並需從事環境解說教育工作，而遊客的參訪主要來自於對大自然及地區內的傳統文化觀察、欣賞、甚至是親身體驗的渴望。旅遊活動方面檢核原則包括採用低環境衝擊之營宿與休閒活動方式、限制到此區域之遊客量、且儘量使用當地居民之服務與載具、及提供遊客以自然體驗為旅遊重點的遊程。旅遊活動方面的檢核因子，條列如下：
採用低環境衝擊之營宿與休閒活動方式
限制到此區域之遊客量
儘量使用當地居民之服務與載具
提供遊客以自然體驗為旅遊重點的遊程
對旅遊地區之自然及文化襲產提供專業層級之介紹
行前及途中給予正確資訊
解說員的引導與環境教育活動的融入，提供遊客不同層次與程度的知識、鑑賞及自然與文化體驗
旅遊型態趨向小眾旅遊
從事生態旅遊活動所得的收益可轉化成為當地社區的保育基金
尊重當地居民的傳統文化及生活隱私
訂定生態旅遊遊客守則
當地居民方面

生態旅遊與一般自然旅遊行程最大的不同之處，在於重視地方利益的回饋，由於地方居民對當地自然或人文資源的瞭解比外界人士深入，且生態旅遊應以當地居民為發展主體，吸引社區居民參與發展，除了可以提昇生態旅遊服務品質、增加旅遊深度、守衛當地生態環境之外，並能將旅遊收益的分享活化社區經濟發展，而更得到社區居民的支持；更進一步應使當地居民藉由生態旅遊的發展，提高居民對於自然保育、環境教育、資源永續經營的意願；最終原則應達到提升社區自發性組織的活力，並使當地居民可獨立解決生態旅遊相關問題的能力，而對環境資源運用與未來生態旅遊發展產生的正面效應。當地居民方面的檢核因子，條列如下：
當地居民支持當地的自然資源與人文保育工作
聘用瞭解當地自然文化之解說員
具有地方社區自發性組織
訂定社區發展生態旅遊居民守則
經營管理方面

經營管理方面，針對目的事業主管機關、地方機關、民間業者，擬定相關檢核原則，條列如下：

目的事業主管機關
落實社區參與
推動社區培力計畫
評定遊客承載量
訂定環境解說導覽機制
強化環境監測

地方機關
負責當地服務設施之修繕、建設
辦理推動生態旅遊而需配合之相關地方事務

民間業者
訂定營運管理準則
培訓解說教育人才
提供解說教育
落實旅遊活動管理
執行自然棲地管理計畫者
（收藏自 台灣國家公園網站）