這就有兩種說法，一是說距今約5,000～6,000年前起，南島語族的祖先分批由華南遷移到臺灣定居，以後再分化並對外擴散。這其實跟從前的傳統論述（由華南遷入臺灣）沒什麽兩樣，只是加了個後來再移出的尾巴。

另一種，說臺灣是不同南島語地區各個民族的匯合點。其中來自菲律賓的南島民族人數最多，還有一部分來自馬來西亞、馬紹爾、斐濟、瓦努阿圖、巴布亞新幾內亞等，也有少數來自大陸和中南半島。來自菲律賓的是阿美族、卑南族、達悟族、撒奇萊雅族、邵族。由菲律賓人和馬來西亞人、美拉尼西亞族群混合而成的是排灣族、魯凱族。來自大陸是泰雅族。賽夏族、賽德克族是泰雅族與排灣族、阿美族混合而成。鄒族則可能來自印支半島。

這種講法雖然強化了原住民主要不是大陸移來的論述，卻逆轉了臺灣祖源說。南島民族不是從臺灣擴散出去，而是由世界各地流入臺灣的。

至於基因研究。據《美國國家地理雜誌．神秘的地球》報導：

現在可確認的是，太平洋島民的粒線體DNA很早以前在島嶼東南亞就已經有了。

在考古學、基因學與人類學界，一直以來最具爭議性的議題之一就是：南島語系的起源地到底是不是臺灣？

先跟大家解釋一下，所謂「南島語系」基本上就是包括臺灣、印尼、馬來西亞、菲律賓、馬達加斯加與太平洋島嶼超過3.8億人用來溝通的語言。大家困惑的是，如此龐大多樣的族群怎麽會有共通的話語呢？

在學術界長期被認定的理論是說，中國大陸水稻耕作一路發展到臺灣，而語言在臺灣發展後奠定了日後南島語系的基礎，並於約4,000年前隨人口外移而擴散。

盡管先前理論是根據考古學、語言學與基因證據而得，臺灣知名人類學者、慈濟大學副校長許木柱表示：「這個問題是過去七十年來一直有爭議的課題，而所謂『臺灣原鄉論(Out of Taiwan)』在臺灣已經成為政治正確的見解，但實際狀況恐怕並非如此，非常值得更多的探討。」

國外由英國哈德斯菲爾德大學（University of Huddersfield）教授馬丁．理查斯（Martin Richards）與同事們共同發表的最新報告，即根據至今最全面的區域DNA分析，提出了推翻如此說法的研究結果。

由於基因資料中顯示，太平洋島民體內的粒線體DNA（mitochondrial DNA）很早以前就出現在島嶼東南亞了，令人不禁懷疑「臺灣原鄉論（Out of Taiwan）」的說法成不成立。

理查斯教授與他所屬的考古基因學研究團隊質疑臺灣原鄉論有了如此的解釋：由於冰河時期末之後（約11,500年前），氣候變遷導致了海平面上升、東南亞與太平洋地貌上的改變。原本無法移動的人口就在約8,000年前從印尼擴散出去，島嶼東南亞與太平洋島嶼族群才會擁有相同的粒線體DNA與Y染色體。

而以語言學的角度分析就會發現，南島語系的許多分支都可以往回追溯到臺灣，DNA分析資料也顯示約4,000年前有一部分的人口擴散是源自於臺灣。但從臺灣移出的人口卻只占島嶼東南亞與太平洋島嶼的20%。對於語言擴散的原因，理查斯教授提出的解釋是，當時臺灣移民構成了菁英族群，或是與新宗教或哲學相關。

理查斯教授自1990年開始研究此議題一直到現在，他們的團隊仍持續地在撰寫南島語系議題的後續報告。除了目前《南島語族祖源之解析，暫譯》（Resolving the Ancestry of Austronesian-speaking populations）一文中詳述了包含12,000粒線體序列大規模的分析資訊，日後也將有粒線體DNA譜系上更精細的分析，並提供島嶼東南亞與東南亞大陸全面完整的基因組分析。

南島語的起源問題，則尤為複雜。歷來有起源於麥克羅尼西亞、中國長江之南、中南半島、西新幾內亞等說法。

其中，麥克羅尼西亞與西新幾內亞說與中國大陸沒有聯系。中國說、中南半島說、葛瑞斯的說及施得樂與瑪律克說等，卻都直接認為南島民族的來源，與中國大陸有密切的關聯。（待續）（龔鵬程《臺灣是南島民族的發源地嗎？》2018-08-03 愛思想平臺）