乾隆以後，隨著敦煌這個地名的恢復，鳴沙山千佛洞也被改稱為敦煌石窟。但是敦煌石窟並沒有因為有了一個新的稱呼而興盛起來。敦煌縣附近雖然有些人知道這些石窟，稍稍再遠一點，就完全無人知曉了。這些石窟群就這樣在歷史的長河中默默無聞地湮沒於沙漠之中。

本世紀初，有一位名叫王圓祿的窮道士來到鳴沙山，發現了埋沒在沙塵中的石窟群，於是他就在把一個石窟打掃乾淨，並住了進去。自西夏入侵此地，到這時候已經過去了八百五十多年了。王道士躬腰駝背，全無一點風采，加上滿臉的晦氣，一副窮極潦倒的模樣。一日，他在一個石窟中清掃浮塵時，偶然間在北面的洞壁上發現有一處地方比四周更加突出。他用一根木棍將突出處的泥土搗下來，卻發現這一處壁面發出異樣的聲響。王道士又找來一根更粗的木棍，朝著那個地方用力地敲擊。敲了兩三下後竟將壁面敲破，原來是個洞穴。他向里面看了一眼，一片漆黑，什麽也看不見。但他發現泥土落向里面，可知這個洞是空的。

王道士又拿來了一把鐵鍬，花了半天功夫，總算是把洞口的泥土都挖開了，但還是看不清洞內到底有些什麽東西。他回到自己的洞窟，又拿來了蠟燭，借著燭光再朝洞中張望，他終於發現了洞中的秘密，這個洞里堆滿了各種各樣的經卷。

王道士趕緊將此事稟報敦煌縣衙，但是等候多日，仍不見有任何回音。王道士沒有辦法，只好再次去縣衙打聽，敦煌縣卻只是讓他代為妥善保管。

王道士看到有遊客來參觀千佛洞，於是他就將這些遊客引到自己發現的洞中，向他們展示洞中大量的經卷，再添油加醋地向他們神吹一通自己發現這個藏經洞的過程，由此換得一點布施，倒也不愁溫飽。

1907年3月，英國探險家斯泰因來到敦煌。他參觀了千佛洞，來到了王道士的洞窟。斯泰因將洞中的經卷一一拿出。王道士看到這個英國人居然敢於進入自己都不曾涉足的洞穴之中，甚感驚訝。

斯泰因對這些經卷小心翼翼，逐一展開，仔細研讀。他將洞內將近三分之一的經卷都取了出來，所以費了不少時日。英國人與王道士商量，他願意給他一大筆錢來換取他的這些經卷。王道士這時才知道自己找到的這些經卷是古籍，他為這些書籍能夠換到如此之多的錢而感慨萬端。

英國人想換取全部的經卷，但是王道士擔心官府日後追究，執意不肯依允。最後英國人只買走了六千卷，但裝箱之後，雇了四十頭駱駝，才將這些經卷從千佛洞運走。

1908年3月，又有一個外國人來到這個石窟，這次是法國人貝利奧。他想得到王道士洞中剩下的經卷。王道士見縣衙始終沒有回音，他左思右想，不知如何處置是好。最後他出於對當地官府的責任，還是不願意全部出讓。

貝利奧將剩下的經卷的一半，大約有五千多本，買了下來，並於當年5月，雇了十輛車運走了。