不過艾塞克斯早已開始防備伊麗莎白女王了。他擔心國內政敵要置他於死地，所以在愛爾蘭時就開始外結蘇格蘭、愛爾蘭，內結天主教派進行謀反。1600年9月，伊麗莎白女王拒絕了艾塞克斯一項甜酒專利延長期限申請。艾塞克斯氣憤難平，大罵女王詭詐易變。他開始精心策劃，秘密造反。

反叛行動失敗後，培根作為女王的法律顧問，和首席檢查官一道起訴艾塞克斯。在掌握確鑿的證據後，培根認定艾塞克斯犯下了謀反罪，在法庭上駁回了艾塞克斯關於“私人爭吵”和“以請援方式哀求女王”的辯護。最終，被處以極刑。

長期以來，人們對於培根在這一事件中的表現議論頗多。許多人譴責培根忘恩負義，缺乏倫理感情，缺乏道義感，是一種不折不扣的背叛。人們認為，友誼需要忠誠，當原則威脅友誼時，事情就變成了是服從理智還是服從情感的問題。盡管從理智層面講一件事情是對的，但是在情感的標尺前，這件事情也會變得嚴重起來。朋友可以為賊，但你不能站出來指證他為賊。除非有更高的正義感（已成了一種情感）激發了人們。這里邊要遵守的邏輯非常複雜，甚至有一些混亂。

不過也有不少人對培根持理解態度。羅素在《西方哲學史》中就指出：“把培根描繪成忘恩負義的大惡棍，這十分不公。他在艾塞克斯忠君期間與他共事，但是再繼續忠誠下去就會構成叛逆的時候拋棄了他。在這一點上，並沒有讓嚴峻的道德家可以指責的地方。”法靈頓也指出：“誰也不能否認艾塞克斯犯了謀叛罪，所以很難理解那些責難培根的人到底要培根做什麼？”

培根後來自己申辯說：“我的辯護不需要冗長和繁複，在那件案子中我所做的一切，都是出於對女王和國家的忠誠。在這件事上，我絕不會因為世上任何人的看法而表現出虛偽與膽怯。因為任何誠實而居心端正的人都會寧願捨棄他的國王而不願捨棄他的上帝，寧願捨棄他的朋友而不願捨棄他的國王，而在某些情況下，則寧願捨棄塵世的利益乃至自己的生命而不願捨棄朋友。”

看來，這不能被簡單地看作是忠誠還是背叛的問題，而應看作是忠誠誰、背叛誰的問題。這就成了價值排序與價值取向，而不是一個簡單的倫理是非之爭。

伊麗莎白女王去世後，詹姆士六世繼位。培根為官之念未斷，他不斷給那些接近國王、能影響國王的人發信聯絡，請求幫助。他甚至寫信給艾塞克斯案中艾塞克斯的同謀犯，這些人在詹姆士即位後立即被釋放並任用。培根的作為讓人稍許感到有些不自在，看起來的確有一些不擇手段。但結果可能依然讓他失望。

要不是的確有自己的學術研究工作，培根的有些行為的確很難得到辯護。也許，這正是培根要堅持世俗學術兩相益所必須付出的代價。這種代價可能也太大了，以致一般人不敢也不願去冒這種風險。

他直接給詹姆士寫信，並把自己的《論學術的進展》一書題獻給詹姆士。他的獻詞是逢迎獻媚之佳篇。他寫道：“說到陛下的智慧，同樣是才學兼優、天稟資質、優美絕倫。我敢說，自基督降生以來，世上的君王，論文藝的優美，論學問的宏博，不論在神學方面還是在世俗學問方面都沒有陛下精通。我相信我說的這些話並不是故意鋪張、漫無根據。如果有誰對我的話有懷疑的話，他們可以仔細考察歷代帝王，他們一定會看到我的判斷實系至情、毫無矯飾。無論是神聖典籍、世俗學藝，陛下都博綜明練、融會貫通。陛下有國王的權力與富貴，有僧侶的睿智與光輝，有哲人的博學與遠見。陛下的這種特質，既稟天賦且是絕世，不獨當代景仰，而且萬世歌頌，更當有一種不朽的著述、千古的柱石，來表揚大王的權力，來銘刻大王的奇功。”