極度貧困會使農民起來反抗，不僅反對大名，也反對幕府當局。德川氏統治的二百五六十年間，發生過的農民起義就不下一千次，但農民起義也不是反對傳統重賦，而是反對額外增收的賦稅。因為實在無法忍受，他們才成群結隊地去向大名抗議。但他們的請願和裁判也要遵守一定的程序，首先要寫好廢除苛捐雜稅的請願書，呈遞大名內臣，如果內臣私自扣壓了請願書，或者大名置之不理，他們就派代表把訴狀呈遞將軍。那些有名的起義，一般都是農民怕訴狀被扣壓，就跑到京城的大道上攔截將軍的轎子，直接呈遞狀子。盡管這種做法很冒險，但是將軍一般收到狀子後就會立刻調查，大多數還是農民會獲勝。
　　但是，這樣的做法是與日本的法律秩序相悖的。哪怕將軍尊重農民，也作出了對他們有利的判決，可有一點是不容忽視的：農民起義者的行為已經破壞了"必須效忠"這一等級制的基本標準。所以不管農民多麼有理，他們起義的初衷多麼正義，他們都難逃一死。農民們也知道這是在所難逃，但就算被判處了死刑，他們也是大家心目中的英雄。但是當人們聚在刑場上，看著起義領袖被投入油鍋，被砍頭或被釘上木架，他們親眼看著行刑，也不會為領袖出頭發生暴動。這是法令，是秩序。事後他們可以為死者建祠立碑，奉之為殉難烈士，但他們卻認為對領袖處刑是正確的，因為那是等級制法律的核心。
　　簡而言之，德川時代的歷代將軍都力圖鞏固各藩的等級結構，使每一個階級都依靠大名。大名在每個藩中居於等級制的頂端，對屬下可以行使各種特權。而將軍最主要的任務就是控制大名，他會采取一切手段防止大名之間結成同盟或進行侵略。各藩的藩界設有哨所關卡，對過往行人嚴格盤查，嚴禁"出女入炮"，以防止大名私運婦女出境，或偷運武器入境。為了防止各藩之間結盟，大名之間不經將軍允許是不能聯姻的。藩與藩之間還不能架橋，因此商業的發展也受到了阻礙。另外，將軍還派密探監視各大名的財政收支，一旦哪個大名富了，將軍就會承包給他損耗極大的建築工程，這樣一來，他的工程完成了，他的口袋也空了。而最有名的一項規定就是，每年大名必須在京城住上半年，返回自己領地時，還必須把妻子留在京城作人質。將軍如此費盡心機，才確保了自己的權勢，鞏固了自己在等級制中的統治地位。
　　當然，將軍在這個拱形的等級制度中，並不是支柱，因為他要通過天皇任命才能執掌政權。天皇和皇宮裏的世襲貴族被迫隱居在京城，沒有實權，天皇的收入甚至還不如大名，甚至宮廷的一切儀式也由將軍嚴格規定。盡管如此，有權有勢的德川將軍也沒有廢除天皇和實際統治者的雙重統治。雙重統治在日本並不是什麼新奇事，從12世紀以來，將軍就已經剝奪了天皇的實權，開始以天皇的名義來統治這個國家。有一段時間，經常發生權力的委托和再委托，職權分化更為嚴重。徒有虛名的天皇把實權托付給世襲的世俗首領，權力卻又轉交給了世襲首領的政治顧問。德川末年，佩裏將軍也沒料想到，將軍背後還有天皇。而1858年，美國的第一任駐日本使節哈裏斯，在和日本進行第一個通商條約的談判時，也是突然發現還有一位天皇的。
　　實際上，日本天皇的概念跟太平洋諸島上其他的皇帝是一樣的，他是神聖的首領，可以參與政治，也可以不參與。有些太平洋島嶼的皇帝自己行使權力，有些則把權力委托給別人。但他本身是神聖的。新西蘭各部落的神聖首領是神聖不可冒犯的，所以他不能親自取食而是由專人侍奉，奉食的湯匙不許碰到他那神聖的牙齒。他外出時有人擡著，因為他雙腳踏過的就是聖地，只歸他所有，別人不能踏足。任何人都不可觸摸他神聖的頭部，他的話語可以上達諸神。在薩摩亞島、湯加島等島嶼，世俗的首領掌管一切政務，神聖的首領則與世俗生活完全脫離。18世紀末，到過湯加的詹姆斯·威爾遜提到那裏的政府時說，"它和日本最為相似，所謂神聖首領，其實也是軍事將領的傀儡"。湯加的神聖首領不參與政務，只負責主持宗教儀式，他在果園采下第一顆果實，舉行了儀式之後，人們才能吃園中的果實。神聖首領去世時，訃告時要用"天堂空了"之類詞句，其死後一般會葬入王墓。
　　日本人認為，天皇即使毫無實權，即使是所謂"軍事將領的傀儡"，但他在等級制中也有一席之地，他的身份跟參不參政無關。西方人認為，天皇完全是多余的，但是習慣了等級制度的人，卻並不這麼認為。在征夷大將軍統治的幾個世紀中，日本人對天皇和京都的皇宮依然十分尊敬。