整個隊伍來到京都時，已是二月二十三日了。

因為京都中心沒有適合的房屋，所以全體隊伍來到了壬生鄉，總部駐節新德寺，所有的隊員分住在周圍的鄉士家裏。

可是他們在京都只待了二十天，江戶就“變天”了，表面上的理由是因為發生了“生麥事件”，幕府不希望這股排外的浪潮波及京都。實際上是因為清川不經許可和公卿暗通取款，要把幕府設立的新征組賣給公家。鵜殿和山崗帶著所有的人準備回江戶，但是近藤和他那八個兄弟，以“勿改初志”的理由滯留京都，令人吃驚的是芹澤也自願留了下來。

兩派人合起來一共十三個人，派系鬥爭從這天就開始了。

他們一行人還住在老宿舍裏，可是不管是幕府還是皇室都不給他們任何庇護了，十三個人變成了沒權沒勢的浪人團體，日子過的非常艱難。

櫻花散去，京都初現綠色的三月。十三個人聯名在十三日向京都守護職松平容保提出了請願書，讓人非常意外的是當天就得到了許可，成為了“會津中將（容保）”的“禦預”（部下），並被授予了正式的法理位置和充裕的經費。新選組從這天就正式成立了。

有錢加上官方的認定，原來的小組織馬上膨脹到了一百餘人。到了初夏，這個團隊已經初具雛形了。

局長是隊伍最高的領導，共有三個人，首席為芹澤、次席為近藤，第三是芹澤的心腹新見錦。表面上看是芹澤一派處於優勢，但是中級幹部卻是近藤一派占了壓倒多數。副長山南、土方，副長助勤（小隊隊長）沖田、永倉、原田、藤堂、井上等十四人都是近藤從江戶帶出來的心腹。土方又新招了大阪浪人山崎蒸、松原忠司、谷十三郎，明石浪人齋藤一。在江戶誰都正眼不瞧一眼的近藤一幫人，現在勢力如日中天，“抖起來了”。

被任命為副長助勤芹澤的心腹，只有四個人。芹澤這個人志大才疏，對於政治方面更是一竅不通，根本沒做一點防範措施。他哪裏知道土方和山南都是這方面的高手，土方早就在普通隊員開始了“小動作”了。他經常以近藤的名義給別人一些小恩小惠，或散布近藤如何能幹，如何照顧手下。

有次土方悄悄對近藤說：“近藤兄，新選組總有一天是你的。”土方關於奪權計劃已經有了很完整的一套計劃了。

土方和近藤在沒外人的時候，說話總是這麼直白。也難怪，兩個人都是多摩的農民出身，近藤老家在武州多摩郡上石原，後來成為天然理心流道場的主人近藤周助的養子。整個青年年代近藤都和八王子附近村寨的農家孩子進行劍術練習。土方是多摩郡日野村鄉士佐藤彥五郎的小舅子，佐藤又是天然理心流的保護者。他們頭一次見面，近藤二十二歲，土方二十一歲，兩個人很快成了好朋友。十年之間，兩個人早已經成為了生死與共的朋友。

土方向近藤談了自己的計劃，近藤臉上露出了笑容，表示了他對這個計劃的讚成。土方接著說：“這不是為了一己私欲，是為了天下大事。新選組現在處於這個亂世之中，一定要確定和諸藩和貴族有同等的位置。靠芹澤和新見那幫雞鳴狗盜之徒，是成不了什麼大事的。”

近藤惜字如金的說道：“但別走的太快了。”

“我知道，但是近藤兄”土方加重語氣說道：“我以前也說過，你在隊伍裏什麼都不要說，每天笑嘻嘻的辦事。對你來說最重要的就是增加大家對你的愛戴。”

“我明白了。”

土方認為近藤身上有大將之才，輔佐他成就霸業，對這個自認絕對聰明的土方來說，也是一種莫名的快樂。

一方面他和近藤一樣對芹澤深惡痛絕，一方面他自認，近藤的帥才加上他的組織能力，絕對能夠成大事。早在多摩郡那個小道場時，他們就是這麼合作的。他在周圍的四鄉八鎮招募喜好劍術的年輕人，並把天然理心流從小地方的劍術套路提升為各地流傳的大門派。現在土方又把新選組當成了他下一個強有力的作品。

現在阻攔他完成這個作品的只是一個人，局長芹澤鴨。不過要殺他，並不是那麼容易的。芹澤好酒貪杯，酒過三巡就變得暴躁不堪。但是他那一身神道無念流的劍法，讓人生畏的膂力。只能讓土方繼續等待下去。