鄭芝龍繼李旦、顏思齊後統領海上眾寨，首先整飭內部，加強海商海盜集團的軍事戰鬥力。海上貿易與移殖擴張，不能沒有陸上基地。顏思齊、楊天生、鄭芝龍等曾圖謀占據日本，舉事失敗後撤走臺灣，臺灣雖已有大陸移民墾殖，但仍不足供給，既不可作為軍事基地，亦不可作為貿易基地。只有占領大陸口岸根據地，有物資人員供應，才能擴張海上。1625至1628年間，鄭芝龍有計劃地侵擾閩粵海岸官軍，搶劫富戶助餉，招募饑民當兵。人們普遍註意到鄭芝龍的海盜集團軍力強大而紀律嚴整。他們不但「不許擄婦女、屠人民、縱火焚燒、榨艾稻谷」。而且「有徹貧者，且以錢米與之」。 當朝廷知道鄭芝龍已聚集起上千條艦船、數萬名勇士，強大到不可剿滅、只可招撫時，鄭芝龍的機會來了。

鄭芝龍的機會來了。1627年，一代名將、抗倭英雄俞大猷的兒子，福建總兵俞咨臯，聯合荷蘭艦隊在福建銅山圍剿鄭芝龍，幾乎全軍覆沒。福建巡撫熊文燦命戚繼光舊部、曾被鄭芝龍俘虜的盧毓英下海招撫，鄭芝龍欣然接受，要求「通行各處，庶使將士便於采買糧食」後，便入泉州接受招撫。熊文燦委任鄭芝龍「海防遊擊」，條件是「所有福建以及浙、粵海上諸盜，一力擔當平靖」。中國海商的機會來了。鄭芝龍受撫，使鄭氏海商集團合法化，海上擴張獲得了內陸支持。下一步將是通過集權化過程統一中國海商力量，壟斷整個遠東水域的貿易，與西方擴張勢力競爭。鄭芝龍逐一消滅了李魁奇、楊六、楊七、劉香老海盜集團，創造了有明一朝從末出現過的海靖奇跡。對明朝政府，這是平靖海疆，對鄭氏海商集團，重要的意義是「雄踞海上」。如今，南中國海已基本實現了「鄭氏和平」， 「海舶不得鄭氏令旗，不能往來，每舶稅三千金，歲入千萬計」。競爭對手只剩下荷蘭東印度公司。

鄭芝龍與荷蘭人的衝突是貿易競爭與貿易壟斷。荷蘭東印度公司早已察覺到鄭氏海商集團的威脅。1627年，福建總兵俞咨臯邀臺灣的荷蘭艦隊共討鄭氏海盜集團，並許諾事成之後將恩準開放荷蘭與中國的貿易。荷蘭艦隊大敗，此後鄭芝龍開始公開在海上截獲荷蘭商船，荷蘭駐臺灣的總督納茨沮喪到極點，寫信向巴達維亞求援：「（我們）沒有船舶能出現於中國大陸沿海區域。一官（鄭芝龍）完全控制了這些地區……我們只有區區350人在此等待。如果我們不能得到救援，我懷疑尊敬的閣下無法從我們這里獲得任何東西，或許只有一條急需修復的船……。」

中國重出大洋、海外擴張的機會來了。帝國衰落，民間力量興起。鄭芝龍在鄭和之後，創造了中國的另一種海上傳奇。1633年前後的鄭氏海商集團，已完全不同於1433年鄭和率領的船隊。鄭氏海商集團以海外貿易移殖力量統合政治組織、軍事武裝，是純粹市場動員下的海外擴張，其海上貿易與海上武裝的形式，與西方擴張者完全相同。他們已經學到當時世界上最先進的航海、貿易與私掠的技術，並可能通過貿易與截獲的形式獲得歐洲海上最先進的裝備，帆船與大炮。