1604年，他寫了《論事物的本性》和《論人類的知識》。1605年，又寫了《論學術的進展》一書。此書建立了科學知識體系的新結構，提供了科學百科知識的全圖；它是近代科學分類的先驅，17世紀英國皇家學會的建立、18世紀法國百科全書的編纂都曾受到了它的激勵和啟迪。

1607年，培根寫成了《幾種想法與幾條結論》與《各家哲學的批判》兩書。這兩本書的內容後來就構成培根《新工具》一書的內容。

在這些書中，培根提出了著名的“四假象說”。所謂假象，即一些錯誤的觀念，它們盤踞在人們的頭腦中，使人們不能正確地認識真理，嚴重地妨礙了科學的復興。培根根據這些錯誤觀念的不同來源，把這些假象分為四類：即族類的假象、洞穴的假象、市場的假象、劇場的假象。

族類假象的產生是因為人類在認識事物時，以自己的主觀感覺和成見為尺度，而不是以宇宙事物本身為尺度，因而在對自然的認識中摻雜了許多主觀的成分。洞穴的假象是由於每個人的心理和體質各有特點，所受的教育、所處的環境、閱讀的書籍和崇拜的權威不同而產生的成見和偏見。市場假象是由於人們在相互交往過程中語詞使用不當而產生的，要麼有名無實，要麼含義混亂、定義不當、演繹概括失真。而劇場假象則是由於各種各樣的哲學體系和論證法則干擾了人們的判斷。

培根認為，“我們必須以堅定的嚴肅的決心把所有這些東西都棄盡屏絕，使理解力得到徹底的解放和洗滌”。

1609年，《古人的智慧》一書出版。該書包含了培根對古希臘神話的深刻見解。他認為古人事實上是在運用神話寓言來傳播哲學思想。“真理正是包含在某些寓言和故事的組織結構里。我發現它們與事物的意義的關聯非常緊密明顯”。

培根曾拿亞特蘭特與希波曼尼斯賽跑進行分析。賽跑中，如果希波曼尼斯贏了則可以娶亞特蘭特為妻，如果輸了則要喪失生命。亞特蘭特跑得飛快，已經有許多人死於她的手下。希波曼尼斯於是就拿了三個金蘋果。每當亞特蘭特跑到前邊，希波曼尼斯就會把一個金蘋果扔到前邊。亞特蘭特出於好奇和貪心，每次都俯身去拾蘋果。結果，希波曼尼斯贏得了勝利。

培根認為，代表技藝的亞特蘭特本來跑得很快，當障礙物搬開後，技藝能更好地發揮作用。然而，“技藝的這種特權和非凡效力卻被某些金蘋果所阻礙，從而給人類生活帶來無限的損害。因為沒有一種科學和技術能真正持久地堅持到底，它們經常會暫時中斷，轉而尋求一時的利益和方便，非常像亞特蘭特。所以毫不奇怪，技藝不僅沒有戰勝自然，而且依照競賽條件，反而要作為他的妻子，要服從於他”。

◎蜘蛛、螞蟻和蜜蜂

1620年，培根出版了《偉大的復興》一書，該書原有的構想分為六大部分：

1.科學的分類。概括人類現有知識；

2.“新工具”，引進一種解釋自然的藝術，之所以命名為“新工具”，是針對亞里士多德的“工具論”而來的；

3.“宇宙現象”或“作為哲學基礎的自然和實驗的歷史”。培根認為，要解釋自然，就得到自然中去尋求材料；

4.“智力的階梯”，是把新工具的方法擴大地運用；

5.“先驅者”或“新哲學的先鋒”；

6.“新哲學”或“能動的科學”。

全書最後真正完成的只有“新工具”部分。