太平軍的殺戮也過於嚴重。洪秀全本人為人暴虐，還未當天王時，就經常將妻子打得半死。在天王的帶領下，太平軍殺人如割草，只看太平軍如何除“妖人”的就可見一斑。

清朝官員、滿族百姓、僧尼道士、商人、儒生乃至醫生、店員、藝人，都被太平軍視為妖人。太平軍辨別妖人的方法極是荒謬：掌心紅潤，十指無重繭者，都被指作妖，或一見即殺，或問答後殺，或有些人不堪刑訊自認是妖被殺，還有一些人乾脆自殺。對於滿族百姓，更是不分男女老幼，一概殺光。不少漢族大小官員、紳士、讀書人，逃不掉又不願死在太平軍手裏的，全家便一同自殺。 

在太平軍內部，大家互相殘殺起來也絕不心慈手軟。對於違反天條、禁令的太平軍將士，大多數被斬首。對於“反叛通妖”的，更是處以“點天燈”、“五馬分屍”極刑。搞得廣大太平軍成為沒有思想感情，沒有人身自由，更沒有人的尊嚴的“三無”工具。諸王之間更是全然不講情誼。如洪秀全與楊秀清內訌，不但殺了楊全家，還將楊的部下兩萬多人統統殺掉。接著又讓韋昌輝殺了石達開的全部家屬，隨後，懾於石達開的威信又殺了韋昌輝。整個內部毫無仁愛信義可言。

領袖無能，等級森嚴

太平天國從建都天京之日起，以天王洪秀全為首的領袖層就集體喪失了進取心，實行無為而治。作為第一領袖的洪秀全，其腐敗不但表現在生活的糜爛上，在政治上也是一塌糊塗。在起義後的十幾年裏，洪秀全多數時間生活在虛幻的世界中。他從1853年3月進入天京到1864年6月五十二歲時自殺（一說饑餓病死），十一年中從未邁出過天京城門一步，只有一次坐六十四人擡的大轎出宮，去看望生病的東王楊秀清。其餘時間都在他的天王府裏，享受著極具威儀和奢華的帝王生活。

1864年，當淮軍和湘軍包圍了天京以後，李秀成等一些較為清醒的將領勸說洪秀全突圍再求發展時，他不但拒絕突圍，還幻想天兵天將來幫助他。直到天京即將告破前，他還說自己的江山是“鐵桶江山”，幻想著“朕之天兵過於水，何懼曾妖乎”（曾妖指曾國藩）。試想，這樣一個整天生活在虛幻生活中，腐敗透頂的領袖，怎麽可能領導太平天國走向最後的勝利。

太平天國的封建等級之森嚴，也是史所罕見的。君臣上下之間稱呼、服飾等個方面都有嚴格規定，違者都要受到懲罰。在洪秀全旨准頒行的《幼學詩》中充滿“生殺由天子”、“王獨操威柄”的帝王思想。洪秀全本人以“朕”自稱，自比“太陽”、“日頭”。太平天國還給諸位王排定座次，依次為：東王楊秀清，西王蕭朝貴，王長兄洪仁發，巨王洪和元，長王洪瑞元，王次兄洪仁達，次王洪錦元，天四駙馬黃棟梁，天西駙馬黃文勝，西王父蔣萬興，南王馮雲山，等等，說明太平天國十分講究上下尊卑。官員朝見天王時必須下跪三呼“萬歲”，見王爵則要下跪三呼“千歲”。當諸王外出時，所有官民都必須回避或跪在道路兩旁高呼“萬歲”或“千歲”，倘若有繼續步行者則斬無赦，一些高官也因此受到懲罰。

當一個政權中所有的人都把精力放在嚴苛的排座次、講規矩上時，這樣的政權顯然不可能長久。

王爺遍地走，爭權奪利葬送江山

太平天國的王爺數量之巨也是空前絕後的。太平天國前期共封了五個對起義和建朝有過貢獻的外姓王。這五王是東王楊秀清、南王馮雲山、西王蕭朝貴、北王韋昌輝以及翼王石達開。這其中除南王馮雲山和西王蕭朝貴戰死之外，其他人則死於內訌。天京事變中，東王楊秀清被北王韋昌輝所殺，隨後天王洪秀全又捕殺了北王韋昌輝。

天京事變後五個外姓王就只剩下翼王石達開一個人了。事變後，石達開回朝輔政，受到滿朝文武臣民的擁護。此時洪家兄弟不是忙著安定政局，而是急於封王。洪秀全先是封其長兄洪仁發為安王，又封其出獄不久的次兄洪仁達為福王，用以牽制石達開。石達開忿然領兵出走，發誓不再回來。此舉引起滿朝文武臣民的抗議，洪秀全不得不把兩個王兄的爵位革掉以謝天下，但還是未能把石達開及其率領的幾十萬精兵召回天京，從而喪失了一次振興天國的機會。

天京事變讓太平軍損失了幾萬名精華骨幹，加上翼王石達開分裂出走帶走了幾十萬精兵，太平天國的軍事力量大為削弱，形勢岌岌可危。此時，曾國藩統率的湘軍四路圍攻安慶，揚言年內攻破天京活捉洪秀全。幸而有新起的青年將領陳玉成在安徽重振軍威，與李秀成及撚軍合力向敵人反攻，解了安慶之圍，保衛了天京上遊的門戶。陳玉成又回師皖北，大破清軍於廬州，活捉了清朝安徽巡撫李孟群，這才把天京事變後兩年來十分危急的局勢扭轉並穩定下來。