“周布，我們總說幕府因循守舊。你看，現在幕府也是不拘一格用人才啊！”小五郎這樣說道。

當時的地方藩鎮其實比幕府更看重人才原來的社會地位。

“火吹達磨比英庵更優秀，如果幕府盯上了他怎麼辦？”

“我會想辦法的。”

在兩人討論村田的時候，藏六接受了藩命的正在趕回萩城路上，他要回去籌備西洋學問所（軍事教學中心）。

周布和藩邸的首腦商量，將藏六編入先手組，身份也升為上士。這還不夠，找人特意寫了一篇“四六”，讚揚藏六“長期鑽研蘭學”。除此之外，還賞給十枚銀塊。這份獎賞確實夠破格了。

周布嫌這還不夠，特意給自己的摯友，青木研藏寫信。

信開頭就寫：“東條英庵，上召之，實為海軍求之也。村田之歸國，超擢料之不遠。”

信裏接下來就是請青木照顧藏六，如果這位“才子”遭遇了什麼不開心的事，請代為安撫。

其實不等周布關照，藏六的待遇就已改變。

萩城新設立的長州藩西洋軍事學校，改名為博習堂。這所學校實質上就是士官學校。

學校裏分兵學科、海軍科、炮術科，這三個學科的教學全歸藏六負責，此外他廢除了過去讓學員自學原著的教學方法，他的教科書全部使用翻譯書籍。

村田如是說：“掌握一門外國語，要花十年。年輕士官學成外語，頭髮都白了。”

村田令人不可思議的地方，就是他一身本事，全都是靠讀書自學的。但是他執鞭教學時，卻是以實踐為主。拿兵學科來說，分戰場建築、戍營內則、行軍定則、尖兵勤務、小戰術、戰鬥術、將帥術七個課目。他領著學生到實習場地，親自指導。

士官學校所有的教學都是速成主義，其他還設歷史、地理、理學、分析學、數學、天文學，不過這些學科，村田表示：“（等主課學完了）有了餘力再去學。”

藏六的學生都是萩城裏高級武士，對村六這個不久之前還是老百姓的兵學教官，實在不“感冒”。

有個藩士對藏六的服裝感到好奇：“村田先生，你現在已經是武士了，為什麼還穿半褲（裙褲），打扮得和傭人一樣。”

藏六若無其事的回答：“因為我不騎馬。”

藏六認為如果不騎馬，沒有穿長褲的必要。這個貌似合理的理由，其實說不過去。一個武士不騎馬，實在是奇恥大辱。可藏六說這話時神情自若。

有人又問：“先生，您的劍法是哪一派？”

“我不會舞劍。”藏六很肯定的回答。其實藏六連拔刀都不會。

有個善謔的人拿著刀請藏六鑒定。藏六問也不問，伸手就拔刀就看。

拔刀也有竅門，有經驗的武士會擎著刀把，慢慢的將刀從刀鞘裏拔出來。藏六不得要領，使出吃奶的勁，才抽出了刀。拿著刀，藏六無奈地嘆了口氣。

這件事在長州藩傳為笑柄，都說：“（村田是個）不得了的武士。”

藏六對這類嘲笑，用博習堂的講義作了回答：“我是個軍事家，不是諸藩坐享高祿的蠢才，武士的武器不是手中的刀槍，而是手下的士兵。現在衡量武士的技能已不是劍術的流派，而是指揮手下士兵的能力。自詡武士、或是藉著武士的名號狐假虎威之徒，是不足以寄國家之安危的。”

藏六後來回到了江戶，在麻布藩邸的一角翻譯經書、教學。

這時局勢大變，文久三年五月，長州藩在關門海峽“單挑”外國艦船。八月十八日長州藩在京都發起政變，元治元年的池田屋事件，七月蛤禦門事變，八月幕府發檄文、征討長州，長州和英米佛蘭的聯合艦隊在馬關發生了炮戰，長州藩所面對情況異常嚴峻。

周布慨嘆時局艱難，最後切腹自殺。小五郎在蛤禦門事變激戰中，下落不明。

藏六這時人在長州藩，年屆不惑，官居區區一介鐵炮取調方而已。

他在長州藩和聯合艦隊的炮戰之後，親自到被聯軍大炮破壞的沿岸炮台巡視。感嘆這場依靠匹夫之勇的戰鬥是“驟雨一過，萬籟寂靜。”並想：如果自己指揮這場戰鬥會是什麼結果啊？

不過除了想以外，藏六只能沈默。