隱憂二，何處種糧。中國的基本國情是人多地少水缺，即便如此，有限的土地和水資源仍然沒有得到合理利用和有效保護。就土地而言，受非農建設佔用等各種因素影響，中國耕地資源逐年減少。改革開放以來，全國耕地銳減近3億畝；2007年全國耕地面積為18.26億畝（其中質量相對較差的中低產田約佔2/3），比1996年減少1.25億畝，年均減少1100萬畝。目前，全國人均耕地面積1.38畝，約為世界平均水平的40%，而且土地沙化、土壤退化、“三廢”汙染等問題嚴重，現有2億多畝耕地受到汙染。隨著工業化和城鎮化進程的加快，耕地依然會繼續減少，宜耕後備土地資源日趨匱乏。雖然中央“確保18億畝耕地紅線”的警鐘一再敲響，但是“鐘照敲、線照闖”的現象十分普遍。為應對國家佔補平衡政策，農村土地整治新增耕地只是數量意義上的佔補相對平衡，質量和肥力不足，糧食產出率大受影響。

從水資源來看，存在著“水少、水多、水髒”的問題。“水少”：中國淡水資源總量約3萬億立方米，約佔全球6%；人均佔有量約2200立方米，約為世界平均水平的1/4，每年農業生產缺水200多億立方米，約有2.3億畝耕地遭受干旱威脅。而生產一斤小麥需要一千斤水，生產一斤水稻需要一千五百斤水，這是必須的。“水多”：水資源時空分佈極不均衡，南多北少，夏季多，春秋少。北方地區水資源短缺矛盾突出，東北和黃淮海地區糧食產量佔全國的53%，商品糧佔全國的66%，由於近年來降水持續偏少，干旱化趨勢嚴重，很多地區超采地下水灌溉，三江平原近10年來地下水位平均下降2—3米，華北平原已形成世界最大的地下水開采漏斗區。“水髒”：水汙染嚴重。中國汙水排放總量世界第一。農業源汙染已超過生活源和工業源汙染，成為水體的主要汙染源，水汙染已從點到面、從城市到農村、從大江大河向小溪擴散。鄉村田野流淌的大小河溝，汙染程度觸目驚心，臭氣熏天、魚蝦絕跡的現象為數不少。用這樣的水質灌溉農田，生產出的農產品可想而知。有專家研究，有效治理深層汙染需要上千年時間。

隱憂三，如何種糧。中國農業基礎條件仍然薄弱，總體上“靠天收”的局面沒有根本改變。首先，農田水利基礎設施建設嚴重滯後。水利是農業的命脈，對糧食生產的貢獻率在40%以上，但由於投入不足，農田水利基礎設施尤其是中小型農田水利建設欠賬過多，基本上還在吃上個世紀六、七十年代的老本，很多處於超期服役、帶病運行的狀態。全國有效灌溉面積2011年剛剛超過50%。近些年，極端異常氣候發生次數越來越多、程度越來越深，或違反時令，突如其來；或大澇大旱，登峰造極；或集於一點，摧毀萬物。

有專家調查表明，2010年地質災害比過去擴大了十幾倍，全國類似舟曲易發泥石流的地方有1.6萬個。大自然的威力，對農田水利基礎設施的要求越來越高。其次，農業科技支撐能力不強。科技是第一生產力，對糧食增產的貢獻顯而易見。但是，中國農業科技比較落後，很多地方仍然沿襲著精耕細作的傳統生產方式。目前，中國農業科技貢獻率2011年僅為53.5%，發達國家都在70%-80%以上。有關專家稱，2009年中國投入農業的科研經費為21億元人民幣，而美國孟山都一家公司投入的科研經費就高達8億多美元。同時，農業機械化水平偏低，農作物耕種收綜合機械化水平僅有54.5%；農業科技推廣投入少，服務手段不足，服務能力不高，效果不明顯。