1955-1956年的肅反運動對新中國歷史的影響很大，民主人士等對肅反運動偏差的批評帶來嚴重的後果，他們中的多數人在一年後都成為“右派”。肅反運動的“主觀化”、“擴大化”是普遍存在的。據曾任廣東省委“肅反五人小組”組長的文敏生回憶，廣東第一批開展肅反運動的單位有410個，“由於種種原因”，“運動開展不到一個月，竟揭發出上百個”小集團“。回憶錄《如歌歲月》的作者章正邦當時在四川省峨眉縣參加肅反，該縣將所有肅反對象集中歸口，統一安排住宿在禮堂和大會議室，為時一個月。為激發參加者的階級鬥爭的警惕性，每天在讀文件和報紙後，還安排專人讀肅反小說和報告文學，”以此來推進肅反運動的深入“，最後“抓了七八個暗藏的反革命分子”，但是一段時間後，這些人又回到原先的工作崗位。

對於肅反運動的偏差，民主黨派的領導人，黃炎培、李濟深、馬寅初、邵力子、黃紹竑、陳其瑗、陳銘樞、羅隆基、李書城等，都曾提出過批評，有的人甚至稱肅反是“違法”和“違憲”，是“慘無人道”，要求政府結束正在進行的肅反運動。李濟深責問公安部長羅瑞卿：既能對舊人員包下來，為何又對其中有的人進行處理？羅瑞卿回答：我們從來沒有說要把反革命也包下來。李書城批評說，中國的“逼供信”和和斯大林的“逼供信”只是形式不同，其實都是折磨，一個是肉體上的折磨，一個是精神上的折磨。有的民主人士還把革命黨比做張獻忠和黃巢。用羅瑞卿的話說，民主人士對“肅反”是“一片不滿之聲”。

羅瑞卿說：他們說的事例經過調查，大都屬實，“而我們在工作中實際存在的缺點錯誤，還不止他們所說的那樣，是大大超過他們講的程度的”。周恩來總理也說，黃紹竑在人大三次會議上的講話，據上海匯報也是基本上符合事實的。但是，羅瑞卿在1956年7月就已經稱他們為“右派”。羅瑞卿引用毛澤東的話說：民主人士批評“肅反”，這種問題的性質是我們“肅反”使他們太傷心了，“肅反”挖了他們的墻角，他們失掉了依托，他們與反革命有深厚的感情，他們總想保存反革命以推遲社會主義的建設，和他們在“肅反”問題上的鬥爭，實質上是階級鬥爭。所以，還在1956年7月，羅瑞卿就批評：黃紹竑最壞，是個機靈鬼，他是表面恭維我們幾句，具體攻擊。一年後，果然黃紹竑被打成右派，對他的處理要比其它人都重一些，章伯鈞、羅隆基被打成“右派”後，都還保留幾個職務，如政協委員等，對黃的職務是完全剝奪。而在“肅反”運動中被波及的人，雖經調查，絕大多數人以後都被解脫，但是一年後，凡是在1955年“肅反”運動被觸及的人，絕大多數又都成為右派。

回憶錄作者之一的陳星因抗戰時期加入過國民黨和國民黨軍隊，建國後在甘肅基層林場工作，沒有任何錯誤言論，在“肅反”運動中被送進單位的“剝皮組”接受審查，後順延成為“右派”。

回憶錄作者之一的倪艮山在解放前曾報考有國民黨背景的南京政治學校，留下歷史疑點，建國初被分配到東北財委，又“看不慣老幹部供給制的特權”，禍從口出，“肅反”運動被懷疑是敵特，因對之不滿，“反右”中再度落網。

回憶錄作者之一的中國醫科大學的學生李蘊暉對肅反運動“先假設，後求證”的主觀化提了意見，也被打成右派。（安徽合肥醫校被“肅反”觸擊的人，全都順延成為右派。肅反運動所要完成的任務之一就是清理在黨和政府機關，以及企事業單位中和舊政權有歷史和思想聯系的那一部分人群。肅反運動的審查對象大多在歷史上和國民黨有過不同程度的聯系；或者出身不好，被審查後心懷委曲，不能“正確對待”；即便沒有表示不滿，在當時被激化的階級鬥爭的思考中，也會被認為是受到審查，心裏肯定不滿，於是這批人就成為了“右派”。

在各類因歷史問題而被審查的對象中，也有因所在單位審幹小組認真負責而被“解脫”歷史疑點的。回憶錄作者之一的鄭延當時在北京的《中國少年報》工作，她在學生時代曾“誤入”過國民黨復興社的外圍組織“三青團青年救國團”，並在參加革命後向組織作過交代。肅反運動中，她所在的單位派出外調人員前往她中學時代讀書的蕪湖女學，調查結果和她本人的交代一致，鄭延的歷史問題就得到了澄清。回憶錄《俺這一輩子》的作者李理在肅反運動時是解放軍某步校教員，因在抗戰時期讀中學時參加過“三青團”而成為肅反對象，他的運氣也很好，組織上“派人千里迢迢作了調查”，與他本人的交代沒有出入，就把他的問題視為是“一般的政治歷史問題”，也沒影響到他的授銜，盡管以後他還是因歷史問題被轉業到地方，並成為“右派”。