最受公認的説法四大書院的説法是：湖南長沙的岳麓書院、江西九江的白鹿洞書院、河南商丘城南的應天書院（睢陽書院）、湖南衡陽的石鼓書院或河南嵩山南麓的嵩陽書院。呂祖謙《白鹿洞書院記》、吳澄之推舉，而宋末馬端臨《文獻通考》中的《職官考》也推舉。但在同一本書《學校考》中則用石鼓書院取代嵩陽書院。 其他被列入的書院還有徂徠書院，麗澤書院，象山書院，茅山書院（又名金山書院），龍門書院。

宋初四大書院為石鼓書院、金山書院、岳麓書院，徂徠書院，出自范成大《驂鸞錄》。

南宋四大書院為麗澤書院、象山書院、岳麓書院、白鹿洞書院。此説法出自清代全祖望《鮚琦亭集外編》卷四十五。

天下六大書院為嵩陽書院、應天書院、岳麓書院、白鹿洞書院，附列石鼓書院，茅山書院。出自南宋王應麟《玉海》，清代全祖望亦讚同此說。

北宋六大書院為石鼓書院、應天書院、岳麓書院、白鹿洞書院、嵩陽書院、茅山書院，出自中華民國大陸時期盛朗西、陳登原《中國書院制度》。

北宋八大書院為石鼓書院，應天書院，岳麓書院，白鹿洞書院，嵩陽書院，茅山書院，龍門書院，徂徠書院，出自南宋詩人范成大，民國陳登原《國史舊聞》也收錄此說。

臺灣

臺灣有「臺灣四大書院」、「臺灣府城三大書院」、「臺灣府城四大書院」、「臺北府城三大書院」等說法。

臺灣四大書院為海東書院、玉峰書院、白沙書院、明志書院，出自《臺灣府志》。

臺灣府城三大書院為崇文書院、海東書院、蓬壺書院，四大書院則加上奎樓書院。

臺北府城三大書院為學海書院、登瀛書院、明志書院。

朝鮮

朝鮮有「朝鮮五大書院」的說法，包括陶山書院、紹修書院、道東書院 、屏山書院、玉山書院。2019年，該五大書院與韓國其他4座書院被一並列入世界遺産。

賜額書院

賜額書院是指君主對書院的欽賜匾額，是書院地位非常重要的象徵。賜額的同時會賜學田、書籍，甚至奴婢。有時賜額還包括賜名，由君主下詔更名。

北宋太平興國二年（978年），宋太宗賜石鼓書院匾額和學田；至道三年（997年）五月，宋太宗頒書賜額太室書院（即嵩陽書院）；大中祥符二年（1009年），宋真宗頒書賜額應天書院；大中祥符八年（1015年），宋真宗頒書賜額岳麓書院；北宋景佑三年（1035年），宋仁宗欽賜匾額石鼓書院。另外，太平興國二年（977年），宋太宗賜給白鹿洞書院國子監印制的儒家九經。岳麓書院、石鼓書院等也數次獲得了皇帝的賜書。

朝鮮歷史上的賜額書院合計為269所。第一所賜額書院是紹修書院，由大儒李退溪向朝鮮明宗請求賜額，明宗下令書院名稱由原名白雲洞書院改為紹修書院，並親書匾額。第二所賜額書院是灆溪書院。

書院一詞的現代用法

今日中國大陸地區的民間國學教育機構也常稱為書院，而在香港一般具有歷史的中學也常稱為書院，也是英文College的翻譯。此外，以聯邦制辦學的大學，其主要的教學單位亦常藉用「書院」一詞稱之，而在越南，書院則指稱圖書館。