僅隔30多年，1630年代，一次新的屠殺事件又發生了。

在第一次大屠殺後，華僑人數不斷增加。西班牙殖民當局出自殖民統治的需要，一方面鼓勵華僑入境，但另一方面則多方限制和歧視。最使華僑無法忍受的是強迫他們到卡蘭巴服勞役。卡蘭巴是一片自然條件惡劣的沼澤地，為保證軍糧供應，西班牙殖民政府先後強迫6000餘名華僑到那裏墾荒。他們披荊斬棘、挖渠排水，逐漸墾出了良田。由於勞動強度大，疫病流行，僅1639年就死去了300餘人。


華僑既被死亡所威脅，又被苛重的地租和刑罰所逼迫，為擺脫套在脖子上的枷鎖，只好選擇武裝起義抗暴這條出路。1639年11月19日起義爆發，起義者沖入卡蘭巴鎮，燒毀教堂，殺死省長和兩名神父，然後集中3000兵力進軍馬尼拉。起義者受挫後被迫撤回卡蘭巴，在蘇卡爾山上築工事自衛，但在西班牙軍隊的夾擊下，最終失敗了。

然而它所點燃的起義之火蔓延到了各地，參加起義的人數增至6000餘人。西班牙殖民主義者實行殘酷的鎮壓，總督下達了殺光所有華僑的血腥命令。接此命令後，各地的西班牙殖民官吏採取欺騙、突襲等手段肆意屠殺華僑，在三個月的時間裏，共有兩萬多華僑被殺。殘酷的屠殺，血流成河，河水發出了腐屍的惡臭。據說人們一度不吃河魚了，因為魚吃了人肉而變肥。真是慘絕人寰的一幕。

事隔23年，即1662年5月，菲律賓又發生了屠殺華僑的慘劇。是年，鄭成功從荷蘭佔領者手裏收復臺灣，鑒於華僑在菲律賓所受的歧視、迫害，他特在四月份致書西班牙總督，譴責西班牙的暴行，表達了護僑護商的立場。為此目的，鄭成功還遣使去馬尼拉。西班牙總督不僅拒絕了鄭成功的正當要求，而且編造了鄭將“入侵”的謊言，開展“備戰”活動，乘機掀起新的排華浪潮。

殖民地政府下令將非基督教徒華僑集中在兩個囚禁區，驅逐回國。在囚禁區以外的任何地方發現非基督教徒華僑，立即處死。華僑財產被凍結。還從各地調集重兵到馬尼拉，準備物資，修築工事，並不斷挑起事端為大屠殺找借口。在西班牙殖民政府的挑唆下，騷擾華僑的事件時有發生，華僑處在惶恐不安中。前兩次大屠殺的慘劇，華僑記憶猶新，面對新的危險，他們被迫大批逃亡。


乘華僑逃亡的混亂，西班牙殖民主義者開始了有計劃的屠殺行動。他們欺騙華僑，假惺惺地要“保護”華僑，華僑不知是計，在西班牙人的“保護”下開始成群結隊返回馬尼拉住地。6月6日，在返回途中的華僑遭到了襲擊，1500名華僑被殺死。接著，西班牙總督又下令將呂宋島的華僑不分男女老少一律殺死。這次大屠殺延續了18天，大約有4000人死於非命。

但和上兩次大屠殺相比，這次華僑死亡人數還算少，這是因為：1.鄭成功得知慘劇發生後，十分震怒，立即下令組織艦隊，準備進軍菲律賓為僑胞討還血債。雖然由於6月23日鄭成功的突然逝世而使這一護僑行動擱淺，但它對西班牙人起了很大的威懾作用；2.有鑒於上兩次大屠殺給菲律賓社會經濟造成的嚴重後果，因此西班牙人在行動上不能不有所收斂。事件過後，他們同意臺灣鄭氏政權的要求，歸還被凍結、扣留的華商貨物，並且允許華僑繼續在馬尼拉逗留，但對中國人入境，實行嚴格的限制。