明治二年六月，新政府任命益次郎為兵部大輔。

這個時期，益次郎把剩下來的工資、獎金全寄給了老家的妻子琴子，他對這些錢的用途有詳細的指示：“我把月給剩下來的一千五百兩交給你，一千兩寄存到上田莊藏那裏，如果有急用再提出來用。剩下五百兩你看情況，交給可靠的人，置辦些田地。”

後來又給琴子寫信：“到向山的疊屋去置辦十四張榻榻米，盡快。大小只要中等就可以。”

益次郎一方面在擔心家裏的家長裏短，另一方面，這個時期益次郎構想了異常龐大、精密的軍隊建設計劃。

益次郎暈船，一輩子沒有出過國。但是他卻掌握了西洋軍隊優點和軍事制度，他創立了日本所有的軍隊制度、軍隊設施。如果維新志士裏缺少了他，實在不可想像。

可不久之前，還在一條船上的薩摩人對大村異常警惕。

維新早期，把持新政府的長州人，就把薩摩藩當作將來的敵人。他們認為：“（薩摩藩）如果像足利尊氏一樣從九州起事，天下大勢會如何發展實在不敢想像。為了以防萬一，必須從公卿中間挑選一個望族，讓他在中央大造聲勢。這個工作現在就要做，西園寺公望是最合適的人選。”年輕的西園寺公望因此列入了被培養之列。

益次郎寫完關於買榻榻米信的第二個月，明治二年九月四日午後六點左右，在京都三條木屋町的旅館二樓裏間，被一群疾馳而來的刺客砍傷了。

這個消息，立即傳到正在箱根山間療養結核病的木戶孝允（桂小五郎）耳朵裏。九月十日木戶的日記裏寫到：“朝，微雨，至暮方止。早曉，河村謙藏（使者）至，言四日晚，大村益次郎之京都木屋町三番寓所，刺客七八人入之。同席之靜間彥次郎、加州人安達某，亦被難。大村僕身被數創，翌五日死。天哉，大村雖被數創，命無大礙。余聞之，大驚。命無大礙，安之。”

翌月二日，荷蘭醫生Ｈ‧Ｆ‧波得音給大村做了手術，然後被送進了大阪鈴木町醫院。可是術後細菌感染，大村患了敗血症，不治而亡。

在彌留之際，他把兵部大丞船越衛喚到床頭。

“悄悄地大量地制造四斤山炮。”

這就是大村的遺言，大村已經準確地預見了明治十年的西南之役，這是日本歷史上最後的內戰。

行刺的刺客共有十二個人。

這些人全是狂熱的國粹攘夷主義者，斬奸狀（刺客留下的聲明）上寫：“專摹擬洋風，汙神州國體，輕蔑朝憲，釀成蠻夷之俗氾濫。”

有件事對益次郎來說很不幸，十二名刺客中有他的同鄉長州藩士三人，五人為土佐藩士。

沒多久，這些人就全部落網。

太政官判處他們死刑，並得到了天皇的許可。刺客們被押到了京都，預定十二月二十日在栗口執行死刑。等到這一天，眼看時辰已到，劊子手剛要動手──

東京的彈正台發來一道命令：“刀下留人。”

京都府被搞得不知所措，只能把待命的死囚押回監獄。

彈正大忠（司法部部長）就是當年薩摩參謀海江田信義。

後來才知道這是海江田私自發的亂命。

當時，誰都認為刺殺益次郎的幕後黑手就是海江田。

關於這點連當初發掘益次郎的“蕭何”木戶孝允也是深信不疑。

木戶在益次郎出發去京都的前天，給京都府的大參事槙村半次郎寫了一份密信，“近日聞貴意，言海江田表裏不一，人心思變，恐久之必禍生肘腋。”

刺殺事件發生後，木戶又向參議廣澤真臣寫信說：“大村之事，為海江田煽動無疑，坊間皆傳之。”

大久保利通的日記對這事也有記載：“十二月二十五日，海江田來了，談了關於處理殺害大村刺客的事，他以彈正台的身份要求停止執行死刑，並說了一大套道理。（中略）今天晚上他又來了，又談到了大村事件。”

過了兩天，海江田又找到了大久保。

“海江田氏又來，對大村事件犯人的處置，感到有些不滿。”

大久保日記裏二十八日也有相同記載。

到底是不是海江田在幕後操縱了這次暗殺？正史沒有定論。

不過有一點是可以肯定，就是在歷史需要益次郎出現時，他如同彗星般突然出現了。當使命完成，他又如彗星般匆忙離去。

這是神秘？還是玄乎？