藏六的學生都是萩城裏高級武士，對村六這個不久之前還是老百姓的兵學教官，實在不“感冒”。

有個藩士對藏六的服裝感到好奇：“村田先生，你現在已經是武士了，為什麼還穿半褲（裙褲），打扮得和傭人一樣。”

藏六若無其事的回答：“因為我不騎馬。”

藏六認為如果不騎馬，沒有穿長褲的必要。這個貌似合理的理由，其實說不過去。一個武士不騎馬，實在是奇恥大辱。可藏六說這話時神情自若。

有人又問：“先生，您的劍法是哪一派？”

“我不會舞劍。”藏六很肯定的回答。其實藏六連拔刀都不會。

有個善謔的人拿著刀請藏六鑒定。藏六問也不問，伸手就拔刀就看。

拔刀也有竅門，有經驗的武士會擎著刀把，慢慢的將刀從刀鞘裏拔出來。藏六不得要領，使出吃奶的勁，才抽出了刀。拿著刀，藏六無奈地嘆了口氣。

這件事在長州藩傳為笑柄，都說：“（村田是個）不得了的武士。”

藏六對這類嘲笑，用博習堂的講義作了回答：“我是個軍事家，不是諸藩坐享高祿的蠢才，武士的武器不是手中的刀槍，而是手下的士兵。現在衡量武士的技能已不是劍術的流派，而是指揮手下士兵的能力。自詡武士、或是藉著武士的名號狐假虎威之徒，是不足以寄國家之安危的。”

藏六後來回到了江戶，在麻布藩邸的一角翻譯經書、教學。

這時局勢大變，文久三年五月，長州藩在關門海峽“單挑”外國艦船。八月十八日長州藩在京都發起政變，元治元年的池田屋事件，七月蛤禦門事變，八月幕府發檄文、征討長州，長州和英米佛蘭的聯合艦隊在馬關發生了炮戰，長州藩所面對情況異常嚴峻。

周布慨嘆時局艱難，最後切腹自殺。小五郎在蛤禦門事變激戰中，下落不明。

藏六這時人在長州藩，年屆不惑，官居區區一介鐵炮取調方而已。

他在長州藩和聯合艦隊的炮戰之後，親自到被聯軍大炮破壞的沿岸炮台巡視。感嘆這場依靠匹夫之勇的戰鬥是“驟雨一過，萬籟寂靜。”並想：如果自己指揮這場戰鬥會是什麼結果啊？

不過除了想以外，藏六只能沈默。

藏六被長州藩大用，要等到幕府第二次長州征伐前，動員征長軍的謠言四處流傳之時。

這時小五郎已經從但馬的潛伏地回到了長州。

小五郎終於進入了他人生的最活躍時期，他終於將藩裏的清議平息，又采購了四千枝新式的米尼埃步槍。此外薩摩藩在土佐阪本龍馬、中岡慎太郎的斡旋下和長州藩結成同盟。倒幕的時機已經成熟了。

小五郎剛回到長州藩，第一件事就是到山口的藩廳質問：“為什麼還不重用村田藏六。”語氣十分激烈。

村田在長州藩慘淡的戰爭間，剛剛被提拔到馬回役普代，俸祿也漲到了百石，他終於成了個名符其實的武士。掐指一算，從萬延元年投入長州藩麾下，花了足足六年，他才混到過去在宇和島藩時一樣的職務。

在小五郎的大力推薦下，村田擔任了軍政專務。這年十二月，藩裏命令藏六改名為大村益次郎。這時長州藩和幕府處於斷交狀態，讓人知道曾在幕府任職的村田藏六，擔任長州藩的軍事方面主管，實在不太方便（其實就是不好聽）。

這年，村田四十二歲。日本歷史上著名的戰略家大村益次郎，如同彗星一般出現在歷史的舞台上。

第二年，慶應二年七月，幕府向三十六個藩發下軍令，從藝州口、石州口、小倉口、大島口四個方向進攻防長二州。

長州藩動員了傾國之力，準備進行抗戰，高杉晉作被任命為海軍總督，陸軍總督雖然沒有選村田，不過所有的作戰計劃都是他制訂的，他自己也親赴石州口戰場，擔任參謀。

長州藩的所有人都十分狐疑，“火吹達磨幹得了嗎？”

舊歷六月，在益次郎率大軍向山陰石州口進發前，一個炎熱的夏夜。小五郎找到大村表示了自己的擔心：“大村先生，你在帷幕裏指揮戰鬥就夠了，實戰交給別人好了。”

益次郎毅然決然的說：“我要去。”

第二天一大早，部隊在山口藩廳前列隊。小五郎一看士兵身著洋式軍服、高級士官在馬上也是正襟危坐，可就是找不到益次郎的坐騎。直到部隊開始行軍，益次郎才穿著一套和服，晃晃悠悠地走過來了。

與其說是和服，不如說更像浴衣，因為下擺的縫法和伊賀褲一樣很特殊。腳上穿的草鞋沒系鞋帶，看上去像是拖鞋一樣。他頭戴檜（絲柏）笠，手裏搖著團扇。

藩主敬親看到村田這幅“吃相”，悄悄的問小五郎：“桂，就大村這樣，成嗎？”小五郎也吃不準。大村連武士標準“裝備”大小兩把刀都沒帶，因為嫌它是個累贅，會阻礙行軍，就讓侍從背著了。

小五郎無可奈何的說：“無妨，諸葛孔明不也輕車簡從、羽扇綸巾指揮了三軍嗎？這幅打扮其實也是仿古啊！”這也是他所希望的。長州藩現在能依靠的只有村田了，如果他都不行，幕府三十六個藩的大軍會把長州藩踏為齏粉。

益次郎帶著他的部隊，離和敵人短兵相接的陣地，越來越近。他的周圍有幾個門生，負責在戰鬥間隙指揮部隊，傳令。

在益田方面進行戰鬥時，大村的部隊前方橫亙著一條大河，沒有橋。

對岸的敵軍正在不斷放槍，大村搖著團扇，搖搖擺擺晃了過來。

他問大隊司令：“為什麼躊躇不前？”

“我們正在找築造兵（工兵）搭浮橋。”